Koszty bezpośrednie poniesione w danym roku oraz w latach poprzednich są zaliczane do kosztów podatkowych w tym roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody. Koszty pośrednie są zaliczane do kosztów podatkowych w dacie ich poniesienia. Koszty pośrednie to głównie tzw. koszty ogólnozakładowe czyli związane z całokształtem działalności podatnika. Jeżeli koszty pośrednie dotyczą okresu dłuższego rok podatkowy, a nie jest możliwe określenie, jaka ich część dotyczy danego roku podatkowego, to zalicza się je do kosztów podatkowych proporcjonalnie do długości okresu, którego dotyczą.
Wydatki na inwestycje deweloperskie są podstawą ustalenia kosztów bezpośrednich dla przychodu ze sprzedaży mieszkań. Wydatki ponoszone w czasie budowy budynków mieszkaniowych będą zwiększać wartość produkcji w toku i powinny być alokowane do kosztów „produkcji” poszczególnych lokali mieszkalnych. Ustawa pozostawia dowolność przyjętego klucza alokacji. Może to być przykładowo koszt przypisywany do jednego metra kwadratowego.
Dla ustalenia jakie wydatki są kosztami bezpośrednimi pomocna może być definicja podatkowa kosztu wytworzenia środka trwałego. Wartość początkowa inwestycji stanowi podstawę do naliczania odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych wytworzonych na skutek procesu inwestycyjnego. Aczkolwiek mieszkanie budowane przez dewelopera środkiem trwałym nie jest, to można pomocniczo kierować się definicją kosztu wytworzenia. Za koszt wytworzenia uważa się wartość, w cenie nabycia, zużytych do wytworzenia środków trwałych: rzeczowych składników majątku i wykorzystanych usług obcych, kosztów wynagrodzeń za prace wraz z pochodnymi, i inne koszty dające się zaliczyć do wartości wytworzonych środka trwałego. Jednocześnie ustawa wskazuje, że do kosztu wytworzenia nie zalicza się: kosztów ogólnych zarządu, kosztów sprzedaży, pozostałych kosztów operacyjnych i kosztów operacji finansowych, w szczególności odsetek od pożyczek (kredytów) i prowizji, z wyłączeniem odsetek i prowizji naliczonych do dnia przekazania środka trwałego do używania. Należy zaznaczyć, że definicję tą możemy stosować pomocniczo, zatem deweloper nie jest nią związany na przykład w zakresie zaliczania do wartości inwestycji odsetek naliczanych w trakcie trwania inwestycji.
I tu powstanie podstawowe pytanie: jak określić okres trwania inwestycji? Kiedy możemy mówić o momencie rozpoczęcia inwestycji? Spotkać się można z różnym podejściem w tym zakresie. Za moment rozpoczęcia inwestycji może być uznany: dzień faktycznego rozpoczęcia prac budowlanych, nabycie gruntu, podjęcie przez upoważniony organ spółki decyzji rozpoczęcia inwestycji budowlanej na danym gruncie, dzień wystąpienia o pozwolenie na budowę (gdy zakupiony grunt jest objęty aktualnym planem zagospodarowania przestrzennego) lub otrzymanie decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu (gdy zakupiony grunt nie jest objęty aktualnym planem zagospodarowania przestrzennego). Wydaje się, że moment zakupu gruntu to zbyt wczesna data, gdyż nie wiadomo jeszcze, czy otrzymane zostaną odpowiednie decyzje administracyjne w tym zakresie. Z kolei rozpoczęcie prac budowlanych może być datą zbyt późną, ponieważ już wcześniej zostały poniesione koszty związane bezpośrednio z budową, przykładowo koszty architekta, koszty geodezyjne i inne koszty związane z przygotowaniem placu budowy. Pozostaje zatem dzień podjęcia decyzji o realizacji inwestycji, nie później jednak niż dzień wystąpienia o pozwolenie na budowę lub otrzymanie decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu.
Wydatki ponoszone przed rozpoczęciem inwestycji należy kwalifikować jako koszty pośrednie, a poniesione po rozpoczęciu inwestycji jako koszty bezpośrednio związane z budową, które jako koszty związane z uzyskiwanymi w przyszłości przychodami ze sprzedaży będą kosztem podatkowym w dacie sprzedaży mieszkania. Zagadnieniem kontrowersyjnym mogą być wydatki ponoszone w okresie pomiędzy uzyskaniem decyzji o pozwoleniu na budowę lub o warunkach zabudowy (lub podjęciem decyzji przez organ spółki co do rozpoczęcia procesu inwestycyjnego) a otrzymaniem pozwolenia na budowę/decyzji o warunkach zabudowy (np. wydatki związane z uzyskaniem takiej decyzji). Ponieważ są one ściśle związane z uzyskiwanym pozwoleniem/decyzją należy uznać je za koszty bezpośrednie.
Przykładami kosztów bezpośrednich mogą być koszty usług architektonicznych, inżynieryjnych i budowlanych związanych z inwestycją w dany budynek mieszkalny, koszty zakupu usług i materiałów budowlanych oraz opłat bankowych płaconych w następstwie regulowania należności wobec wykonawców, koszty konsultacji, doradztwa prawnego i podatkowego, wyłącznie w zakresie dotyczącym inwestycji w budynek mieszkalny, koszty przygotowywania umów oraz opłaty notarialne, np. dotyczące nabycia gruntu lub prawa wieczystego użytkowania gruntu przeznaczonego pod budowę budynku mieszkalnego oraz sprzedaży poszczególnych lokali. Kosztem bezpośrednim będą również wydatki na zakup gruntu. Z kolei kosztami pośrednimi będą koszty ogólnego zarządu, koszty administracyjne związane z funkcjonowaniem biura, koszty usług księgowych oraz reklamowych, koszty konsultacji, doradztwa prawnego i podatkowego dotyczącego ogólnej działalności, nie zaś konkretnej inwestycji, podatek od nieruchomości oraz opłata z tytułu wieczystego użytkowania gruntu, odsetki, różnice kursowe.
W praktyce rozbieżności występują w odniesieniu do podatku od nieruchomości i opłat za użytkowanie wieczyste gruntu. W zależności od sytuacji również koszty reklamy mogą być uznane za koszty bezpośrednie lub koszty pośrednie – jeżeli kampania reklamowa dotyczy sprzedaży lokali na konkretnym osiedlu, to można argumentować, że jest to koszt bezpośrednio związany ze sprzedażą tych mieszkań. Każda sytuacja powinna być jednak analizowana odrębnie.
