Na mocy art. 83 ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej czas trwania kontroli wszystkich organów kontroli u przedsiębiorcy nie może przekraczać u mikroprzedsiębiorców 12 dni roboczych, u małych przedsiębiorców 18 dni roboczych, u średnich przedsiębiorców 24 dni roboczych, u pozostałych nie powinien przekroczyć 48 dni roboczych. Jednocześnie ustawodawca zastrzegł w art. 83 ust. 2 ustawy, iż wspomnianych ograniczeń czasowych kontroli nie stosuje się m.in. w sytuacji gdy przeprowadzenie kontroli jest niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia, przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska naturalnego, kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu.
Co również istotne, przedłużenie czasu trwania kontroli możliwe jest także, jeżeli w toku kontroli zostanie ujawnione zaniżenie zobowiązania podatkowego lub zawyżenie straty w wysokości przekraczającej równowartość 10% kwoty zadeklarowanego zobowiązania podatkowego lub straty, albo w przypadku ujawnienia faktu niezłożenia deklaracji pomimo takiego obowiązku. Jednakże czas trwania takiej kontroli nie może spowodować przekroczenia odpowiednio dwukrotności czasu określonego w art. 83 ust. 1 ustawy.
Kluczowym dla określenia prawa przedsiębiorcy w przypadku przedłużania się kontroli organów jest przepis art. 84c ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Na podstawie tej regulacji prawnej przedsiębiorcy posiadają prawo do wniesienia sprzeciwu w przypadku prowadzenia kontroli z naruszeniem przepisów prawa. Stosownie do art. 84c ust. 1 ustawy, przedsiębiorca może wnieść sprzeciw wobec podjęcia i wykonywania przez organy kontroli czynności z naruszeniem m.in. art. 83 ust. 1 ustawy. Tym samym w przypadku przekroczenia przez organy kontroli terminów określonych w przepisach przedsiębiorca ma prawo do wniesienia sprzeciwu. Zgodnie z art. 84c ust. 2 ustawy sprzeciw przedsiębiorca wnosi na piśmie do organu podejmującego i wykonującego kontrolę. O wniesieniu sprzeciwu przedsiębiorca zawiadamia na piśmie kontrolującego. Sprzeciw wnosi się w terminie 3 dni roboczych od dnia przekroczenia terminu właściwego do kontroli.
W tym miejscu warto zaznaczyć, iż zgodnie z art. 84c ust. 5 ustawy wniesienie sprzeciwu powoduje wstrzymanie czynności kontrolnych przez organ kontroli, którego sprzeciw dotyczy, z chwilą doręczenia kontrolującemu zawiadomienia o wniesieniu sprzeciwu do czasu rozpatrzenia sprzeciwu, a w przypadku wniesienia zażalenia do czasu jego rozpatrzenia.
Po wniesieniu sprzeciwu organ kontroli ma 3 dni robocze na rozpatrzenie sprzeciwu oraz wydanie postanowienia. W postanowieniu organ może zdecydować o (art. 84c ust. 9) odstąpieniu od czynności kontrolnych lub kontynuowaniu czynności kontrolnych. W myśl art. 84c ust. 10 ustawy, na powyższe postanowienie przedsiębiorcy przysługuje zażalenie w terminie 3 dni od dnia otrzymania postanowienia. Rozstrzygnięcie zażalenia następuje w drodze postanowienia, nie później niż w terminie 7 dni od dnia jego wniesienia. Organ kontroli na podstawie art. 84c ust. 11 ustawy, może kontynuować czynności kontrolne od dnia, w którym postanowienie o kontynuowaniu czynności kontrolnych doręczono przedsiębiorcy, a w przypadku wniesienia zażalenia, od dnia doręczenia przedsiębiorcy postanowienia, o którym mowa w ust. 10.
Jak wynika zatem z przedstawionych przepisów, organ kontrolujący sam rozpatruje sprzeciw przeciwko podjęciu równoczesnej kontroli, a także ewentualne zażalenie na wydane przez siebie postanowienie w tej sprawie. Rodzi to obawy, że organy będą nadużywały możliwości kontynuowania kontroli mimo zgłoszenia sprzeciwu. W takiej sytuacji przedsiębiorca będzie mógł wnieść żądanie stwierdzenia nieważności postanowienia na podstawie art. 126 w zw. z art. 156-159 Kodeksu postępowania administracyjnego (k.p.a.). Wynika to z przepisu art. 84c ust. 16 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, który do postępowania dotyczącego sprzeciwu wobec podjęcia kontroli każe stosować odpowiednio przepisy k.p.a.
W przypadku, gdy organ wyższego stopnia stwierdzi, że postanowienie organu kontrolującego jest nieważne, przedsiębiorca, na podstawie art. 77 ust. 4 ustawy, będzie mógł domagać się odszkodowania. Ponadto na podstawie art. 77 ust. 6, dowody przeprowadzone w toku kontroli przez organ kontroli z naruszeniem przepisów prawa, nie mogą stanowić dowodu w żadnym postępowaniu administracyjnym, podatkowym, karnym lub karno-skarbowym dotyczącym kontrolowanego przedsiębiorcy.
