Faktury wystawione w formie elektronicznej mogą być przechowywane w dowolny sposób, czyli podatnik może wybrać, czy będzie przechowywał te faktury w formie elektronicznej, czy też w papierowej. Trzeba jednak pamiętać, że sposób przechowywania faktur elektronicznych ma gwarantować spełnienie następujących warunków:

– należy zapewnić autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność tych faktur od momentu ich wystawienia do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego,
– faktury powinny być łatwe w odszukaniu,
– należy zapewnić organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej na żądanie, zgodnie z odrębnymi przepisami, bezzwłoczny dostęp do faktur.

Faktury wystawione i przesłane w formie elektronicznej mogą być przechowywane w formie elektronicznej poza terytorium kraju pod warunkiem zapewnienia organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej, za pomocą środków elektronicznych, dostępu on-line do tych faktur. Nie ma obowiązku powiadamiania organów podatkowych o przechowywaniu faktur na serwerach położonych poza terytorium Polski.