Stan faktyczny oraz stanowisko WSA
Podatnik zwrócił się do organów podatkowych z wnioskiem o zwrot nadpłaty w VAT, składając jednocześnie korekty stosownych deklaracji podatkowych. W uzasadnieniu wniosku wskazał, że przesłanką złożenia korekt deklaracji jest zwiększenie kwot podatku naliczonego podlegającego odliczeniu o kwotę podatku od wydatków związanych z nabyciem i leasingiem samochodów wykorzystywanych do wykonywania czynności opodatkowanych oraz z nabyciem paliwa do tych samochodów. Jako przyczynę powyższego działania podatnik wskazał wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE z dnia 22 grudnia 2008 r. w sprawie C-414/07 Magoora.

Organy podatkowe odmówiły wszczęcia postępowania w sprawie. Wyjaśniły, że ze względu na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, skutkujący wygaśnięciem prawa do skorygowania deklaracji podatkowych za okresy rozliczeniowe, których dotyczy postępowanie, uznano korekty deklaracji VAT-7 za bezskuteczne. W ocenie organów okoliczność ta stanowiła również przeszkodę do wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadpłaty za wnioskowane okresy.

WSA w Warszawie uchylił zaskarżone postanowienia. Stwierdził, że w art. 74 Ordynacji podatkowej wprowadzono odrębny tryb postępowania w sprawie nadpłat, które powstają w wyniku orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości UE. Z przepisu tego wynika, że orzeczenie TS UE daje podstawę do tego, aby podatnik – powołując się na jego skutki – zweryfikował stan swoich rozliczeń podatkowych, żądając zwrotu kwot podatku, których nie musiał uiścić z uwagi na podjęte orzeczenie. Powyższy przepis uzależnia złożenie wniosku o zwrot nadpłaty od wystąpienia zdarzenia w postaci „orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości UE” w wyniku którego „nadpłata powstała”, które to orzeczenie zapada po tym jak podatnik uprzednio złożył już deklarację, z której wynikała wysokość zobowiązania podatkowego. Dalej Sąd stwierdził, że w trybie dotyczącym nadpłaty powstałej w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości UE nie ma zastosowania art. 79 § 2 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Przepis ten odnosi się bowiem do nadpłat powstałych w zupełnie innym trybie. W ocenie WSA w Ordynacji podatkowej brak jest odrębnej regulacji określającej termin do złożenia wniosku o zwrot nadpłaty w trybie art. 74 Ordynacji. Uwzględniając zasadę efektywności prawa unijnego Sąd uznał zatem, że przedawnienie zobowiązania podatkowego, w związku z którym podatnik złożył wniosek o nadpłatę, nie może stanowić przeszkody w złożeniu takiego wniosku, jeżeli nadpłata wynika z orzeczenia TS UE.

Teza
Na podstawie uzasadnienia omawianego orzeczenia można sformułować następującą tezę:
„Przedawnienie zobowiązania podatkowego, w związku z którym podatnik złożył wniosek o nadpłatę, nie może stanowić przeszkody w złożeniu takiego wniosku na podstawie art. 74 Ordynacji podatkowej, jeżeli nadpłata wynika z orzeczenia TS UE.”

Komentarz
Prezentowany wyrok może okazać się istotny dla podatników, którzy będą zamierzali skorygować swoje rozliczenia w zakresie VAT i wystąpić o stwierdzenie nadpłaty podatku w konsekwencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości UE stwierdzającego niezgodność polskich przepisów podatkowych z prawem unijnym. Zgodnie ze stanowiskiem Sądu stosowne skorygowanie rozliczeń i złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty może w takiej sytuacji nastąpić nawet po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Elementem decydującym i generującym podstawę złożenia wniosku o nadpłatę jest bowiem w takiej sytuacji dopiero wydanie orzeczenia przez Trybunał, a to może nastąpić również po upływie przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Słuszne są wywody Sądu, że podzielenie stanowiska prezentowanego w sprawie przez organy podatkowe naruszałoby jedną z podstawowych zasad prawa unijnego, tj. zasadę efektywności. Zasada ta doznałaby istotnego uszczerbku w sytuacji, gdyby podatnicy nie mogli skutecznie domagać się zwrotu podatku pobranego niezgodnie z prawem unijnym, która to niezgodność została potwierdzona przez Trybunał.