Zaznaczyć należy, iż stosownie do treści art. 86 ust. 1 ustawy o VAT prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o podatek naliczony przysługuje w zakresie w jakim nabyte towary i usługi mają służyć podatnikowi do wykonywania działalności opodatkowanej. Jednakże zgodnie z art. 88 ust. 1 pkt 4 ustawy o VAT obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika usług noclegowych i gastronomicznych.
W tym miejscu należy zaznaczyć, iż w obowiązującym do 30 listopada 2008 r. stanie prawnym, cytowany powyżej przepis, wyłączający prawo do odliczenia podatku naliczonego nie miał zastosowania w przypadku gdy usługi te zgodnie z art. 88 ust. 1 pkt 4 lit. a ustawy o VAT zostały nabyte przez podatników świadczących usługi turystyczne, opodatkowanych w sposób inny niż określony w art. 119 ustawy o VAT (podmioty zajmujące się działalnością w zakresie turystyki na zasadach ogólnych), jeżeli w skład tych usług wchodziły usługi noclegowe oraz gastronomiczne. Natomiast w wyniku nowelizacji ustawy o VAT art. 88 ust. 1 pkt lit. a został uchylony od dnia 1 grudnia 2008 r.
Tym samym prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z nabyciem usług noclegowych oraz gastronomicznych przysługiwało do dnia 30 listopada 2008 r. wyłącznie w stosunku do podmiotów świadczących usługi turystyczne i opodatkowanych w sposób inny niż określono w art. 119 ustawy o VAT. Od 1 grudnia 2008 r. nabycie usług noclegowych nie uprawnia podatnika do odliczenia podatku naliczonego wykazanego na fakturze w związku z nabyciem tych usług.
Co prawda przedmiotowa nowelizacja stanowi złamanie zasady neutralności podatku VAT, która to reguła stanowi element konstrukcyjny podatku od towarów i usług, a tym samym jest sprzeczna z prawem unijnym. Jednakże w przypadku odliczenia podatku naliczonego w opisywanym przypadku podatnik musi liczyć się z zakwestionowaniem odliczenia podatku przez organ podatkowy. Niestety również sądy administracyjnego potwierdzają, że w opisywanej sytuacji hotel nie będzie miał prawa do odliczenia VAT od usług gastronomicznych oraz nocelgowych
