Zastosowanie się do interpretacji indywidualnej chroni podatnika w następujących sytuacjach:
1) interpretacja została zmieniona,
2) nastąpiło uchylenie interpretacji indywidualnej w drodze prawomocnego orzeczenia sądu administracyjnego,
3) interpretacja nie została uwzględniona w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej.
W każdej z tych sytuacji dochodzi do kolizji pomiędzy pierwotnie dokonaną przez Ministra Finansów interpretacją prawa podatkowego a interpretacją będącą następstwem kontroli prawidłowości interpretacji udzielonej pierwotnie lub rozstrzygnięciem o skutkach podatkowych zdarzenia objętego interpretacją przy rozpoznawaniu sprawy wymiarowej. Zasada zaufania podatnika do działania organów administracji publicznej wymaga, aby podatnik nie ponosił negatywnych konsekwencji zastosowania się do wskazań tych organów co do zachowania się zgodnego z obowiązującym prawem.
Ordynacja podatkowa w obecnym brzmieniu przewiduje zatem dwa reżimy ochrony prawnej wynikającej z zastosowania się do interpretacji podatkowych. Ochrona prawna w zakresie interpretacji dotyczących stanu faktycznego, którego skutki podatkowe wystąpiły przed opublikowaniem interpretacji ogólnej lub doręczeniem interpretacji indywidualnej unormowana jest w sposób kompleksowy w art. 14m Ordynacji. Z kolei art. 14k stanowi regulację ochrony podatnika wynikającej z interpretacji ogólnej opublikowanej po wystąpieniu skutków podatkowych stanu faktycznego, którego dotyczyła interpretacja, lub po doręczeniu interpretacji indywidualnej.
Zgodnie z art. 14k Ordynacji podatkowej Zastosowanie się do interpretacji indywidualnej przed jej zmianą lub przed doręczeniem organowi podatkowemu odpisu prawomocnego orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną nie może szkodzić wnioskodawcy, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Zastosowanie się do interpretacji ogólnej przed jej zmianą nie może szkodzić temu, kto się do niej zastosował, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. W zakresie związanym z zastosowaniem się do interpretacji, która uległa zmianie, lub interpretacji nieuwzględnionej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej, nie wszczyna się postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe lub wykroczenia skarbowe, a postępowanie wszczęte w tych sprawach umarza się oraz nie nalicza się odsetek za zwłokę.
Natomiast w przypadku gdy skutki podatkowe związane ze zdarzeniem, któremu odpowiada stan faktyczny będący przedmiotem interpretacji, miały miejsce przed opublikowaniem interpretacji ogólnej lub przed doręczeniem interpretacji indywidualnej, zastosowanie się do tej interpretacji nie zwalnia z obowiązku zapłaty podatku.
Na mocy art. 14m Ordynacji Zastosowanie się do interpretacji, która następnie została zmieniona lub nie została uwzględniona w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej, powoduje zwolnienie z obowiązku zapłaty podatku w zakresie wynikającym ze zdarzenia będącego przedmiotem interpretacji, jeżeli:
1) zobowiązanie nie zostało prawidłowo wykonane w wyniku zastosowania się do interpretacji, która uległa zmianie, lub interpretacji nieuwzględnionej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej oraz
2) skutki podatkowe związane ze zdarzeniem, któremu odpowiada stan faktyczny będący przedmiotem interpretacji, miały miejsce po opublikowaniu interpretacji ogólnej albo po doręczeniu interpretacji indywidualnej.
Zwolnienie z obowiązku zapłaty podatku obejmuje:
1) w przypadku rocznego rozliczenia podatków – okres do końca roku podatkowego, w którym opublikowano zmienioną interpretację ogólną, doręczono zmienioną interpretację indywidualną albo doręczono organowi podatkowemu odpis orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną ze stwierdzeniem jego prawomocności;
2) w przypadku kwartalnego rozliczenia podatków – okres do końca kwartału, w którym opublikowano zmienioną interpretację ogólną, doręczono zmienioną interpretację indywidualną albo doręczono organowi podatkowemu odpis orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną ze stwierdzeniem jego prawomocności, oraz kwartał następny;
3) w przypadku miesięcznego rozliczenia podatków – okres do końca miesiąca, w którym opublikowano zmienioną interpretację ogólną, doręczono zmienioną interpretację indywidualną albo doręczono organowi podatkowemu odpis orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną ze stwierdzeniem jego prawomocności, oraz miesiąc następny.
Jednocześnie na podstawie art. 14m § 3 Ordynacji na wniosek podatnika, który zastosował się do interpretacji, w decyzji określającej lub ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego organ podatkowy określa również wysokość podatku objętego zwolnieniem, o którym mowa powyżej, albo – w przypadku uiszczenia podatku w zakresie objętym tym zwolnieniem – określa wysokość nadpłaty.