Powyższe oznacza, iż dla opodatkowania podatkiem VAT gruntu w przypadku, gdy posadowiony jest na nim budynek, decydująca będzie stawka podatku od towarów i usług mająca zastosowanie do budynku. Przykładowo, jeśli przedmiotem sprzedaży jest grunt z budynkiem wykorzystywanym nie dłużej niż dwa lata, całość transakcji będzie opodatkowana VAT, w sytuacji gdyby sprzedaż dotyczyła gruntu z budynkiem niemodernizowanym, używanym przez okres dłuższy niż dwa lata, co do zasady, zastosowanie znajdzie zwolnienie z opodatkowania VAT zarówno w odniesieniu do działki, jak i obiektu.

Zdarzają się jednak sytuacje, gdy na jednym gruncie wybudowanych jest kilka budynków. O ile w przypadku tych budynków obowiązują te same reguły w zakresie właściwej stawki VAT, z wartości transakcji nie musimy wyodrębniać wartości gruntu, bowiem jego sprzedaż będzie podlegała tej samej stawce co sprzedaż budynków. Co jednak w sytuacji, gdy w ramach danej transakcji część budynków jest opodatkowana VAT, a część z tego podatku zwolniona? Regulacje podatkowe milczą w tym zakresie. W praktyce podatnicy stosują jedną z dwóch metod przypisania wartości gruntu do podstawy opodatkowania sprzedawanych budynków, a mianowicie możliwe jest proporcjonalne przypisanie wartości działki do poszczególnych budynków w oparciu o powierzchnie poszczególnych obiektów, albo też podatnik może zastosować w tym celu klucz wartościowy.

Generalnie, organy podatkowe potwierdzają prawidłowość obu powyżej wskazanych metod. Przykładowo, w interpretacji z dnia 29 maja 2013 r. Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy stwierdził, iż: „przepisy (…) nie zawierają regulacji dotyczącej sposobu przypisania wartości sprzedawanego gruntu do ceny budynków i budowli na nim posadowionych, w przypadku, gdy część z nich podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, a część korzysta ze zwolnienia. Wobec powyższego przyjąć należy, iż dopuszczalne są różne rozwiązania w tym zakresie, tj. wg klucza powierzchniowego (udziału powierzchni budynków i budowli podlegających poszczególnym regulacjom dotyczącym opodatkowania w ogólnej powierzchni budynków i budowli znajdujących się na tym gruncie) lub wg klucza wartościowego (udziału wartości budynków i budowli podlegających poszczególnym regulacjom dotyczącym opodatkowania w wartości ogółem wszystkich budynków i budowli znajdujących się na tym gruncie). Istotne jest, aby przyjęty przez podatnika klucz był rzetelny i miarodajny, a tym samym odzwierciedlał stan faktyczny.”

Należy jednak zwrócić uwagę, iż w niektórych sytuacjach za bardziej miarodajną może zostać uznana tylko jedna z wymienionych metod. W interpretacji z dnia 24 grudnia 2012 r. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie potwierdził stanowisko podatnika, iż w stanie faktycznym będącym przedmiotem interpretacji podstawa opodatkowania powinna zostać ustalona w oparciu o klucz powierzchniowy. Ze względu bowiem na niską wartość znajdujących się na działce budynków oraz na fakt, iż były one przeznaczone do rozbiórki, przypisanie tym budynkom jakiejkolwiek wartości dla potrzeb obliczenia proporcji spowodowałoby, że proporcja ta nie odzwierciedlałaby właściwie stanu faktycznego.

W konsekwencji, podatnicy dokonujący sprzedaży budynków lub budowli opodatkowanych różnymi stawkami, położonych na jednym gruncie, powinni każdorazowo ustalić, czy ze względu na cechy konkretnej dostawy (np. dużą rozbieżność w wartości budynków posadowionych na gruncie, trudności w prawidłowym obliczeniu proporcji powierzchni przypadającej na budynki bądź budowle),  za miarodajną można uznać wyłącznie jedną metodę: odnoszącą się do powierzchni bądź do wartości obiektów znajdujących się na działce.