Co do zasady zatem, wprowadzany system jest w założeniu podobny do systemu odliczania VAT od nabycia czy ulepszenia nieruchomości stanowiącej środek trwały podatnika, podlegającej wieloletniej korekcie VAT, gdzie zmiana przeznaczenia danego środka trwałego skutkuje koniecznością dokonania korekty VAT naliczonego w stosunku do pozostałego okresu korekty. Omawiana nowelizacja wprowadza również obowiązek korekty VAT w przypadku zmiany stopnia, w jakim dana nieruchomość wykorzystywana jest dla celów prowadzonej działalności opodatkowanej, w deklaracji składanej za okres rozliczeniowy, w którym nastąpiła taka zmiana.
Jednocześnie ustawodawca zakłada, że jeśli podatnik np. postanowi udostępnić nieodpłatnie swojemu pracownikowi dla celów prywatnych część nieruchomości, nie będzie on musiał opodatkować tego rodzaju nieodpłatnego świadczenia usług (do czego byłby zobligowany na podstawie art. 8 ust 2 ustawy o VAT), gdyż podatek jest już „oddawany” w postaci proporcjonalnego zmniejszenia podatku naliczonego, który został odliczony przy nabyciu przedmiotowej nieruchomości.
Zgodnie z wprowadzanymi w życie przepisami, jeżeli podatnik prowadzi również działalność zwolnioną z opodatkowania, dokonywana korekta powinna uwzględniać stosowany przez podatnika współczynnik sprzedaży używany do proporcjonalnego odliczenia VAT. W przypadku zatem podatników zobligowanych do obliczania VAT według proporcji sprzedaży, którzy zmienią zakres wykorzystywania nieruchomości do celów prowadzonej działalności, kwota VAT podlegająca odliczeniu ulegnie dalszemu zmniejszeniu. Jeżeli np. lekarz nabył nieruchomość, w której prowadzi przychodnię, lecz jednocześnie wynajmuje pomieszczenia na rzecz lekarzy innych specjalności, wykorzystując jednocześnie cześć tej nieruchomości na cele prywatne i po 1 stycznia 2011 r. niewyodrębnioną część nieruchomości postanawia przeznaczyć na mieszkanie dla personelu pomocniczego,. zobligowany będzie nie tylko do wyliczenia proporcji sprzedaży i dokonania ewentualnej korekty VAT zgodnie z zasadami dotyczącymi odliczania VAT według współczynnika, lecz będzie musiał również dokonać korekty (czyli „oddania”) podatku naliczonego przy nabyciu nieruchomości, z tego powodu iż zmniejszeniu ulegnie stopień w jakim nieruchomość wykorzystywana jest na cele prowadzonej przez niego działalności gospodarczej.
Co do zasady na gruncie obecnie obowiązujących przepisów podatnik, który wykorzystuje nieruchomość stanowiącą majątek swojego przedsiębiorstwa, od której nabycia odliczył VAT, do celów niezwiązanych z prowadzoną działalnością zobligowany jest do opodatkowania tego rodzaju nieodpłatnego świadczenia na podstawie art. 8 ust. 2
Zakładając zatem, że podatnik nabył budynek biurowy, odliczył podatek naliczony w pełnej wysokości, a następnie przekazuje cześć tej nieruchomości np. jedną salę, dla celów organizacji prywatnych imprez okolicznościowych przez swoich pracowników, nie pobierając przy tym wynagrodzenia, podatnik zobligowany jest do określenia podstawy opodatkowania nieodpłatnie świadczonej usługi oraz kwoty VAT należnego. W podobny sposób powinien postąpić jeśli np. zdecyduje się na zaadoptowanie (bez wydzielania osobnej nieruchomości) części posiadanego budynku na własne cele np. mieszkaniowe).
Na gruncie zmienionych regulacji nie będzie konieczne opodatkowanie nieodpłatnego świadczenia (zastosowanie art. 8 ust 2 ustawy o VAT jest wyłączone expressis verbis) jednak podatnik dokonując np. nakładów na poniesiona nieruchomość będzie mógł odliczyć – jednorazowo – tylko część podatku naliczonego. Na gruncie przepisów obowiązujących w 20110 r. przepisów teoretycznie możliwe było dokonanie odliczenia VAT od całości nakładów modernizacyjnych a następnie opodatkowania nieodpłatnego świadczenia usług na cele prywatne. Obecnie podatnik będzie uprawniony do odliczenia tylko części podatku naliczonego, co niewątpliwie jest mniej korzystne z punktu widzenia przepływów pieniężnych.
Dodajmy, że w przeszłości ETS wskazał, iż nie stanowi naruszenia zasady równego traktowania fakt, iż wspólnotowe dyrektywy w sprawie podatku VAT uprawniają podatnika do natychmiastowego odliczenia w całości podatku naliczonego od nabywanych przez niego towarów, przyporządkowanych przedsiębiorstwu, w sytuacji gdy następnie podatnik uiszcza podatek należnego w sposób progresywny w trakcie wykorzystania tych towarów do celów prywatnych . Takie działanie na skutek wprowadzenia art. 168a Dyrektywy VAT oraz implementujących ją przepisów krajowych od 1 stycznia 2011 r. nie będzie już dozwolone.
Dodajmy, iż wprowadzane przepisy nie zakładają sposobu obliczania procentu w jakim nieruchomość wykorzystywana jest do celów działalności gospodarczej. Co do zasady wydaje się, iż należy porównać stosunek powierzchni użytkowej nieruchomości wykorzystywanej do działalności gospodarczej do całkowitej powierzchni nieruchomości. O ile w przypadku nieruchomości gruntowej ustalenie takiego stosunku nie sprawia większych kłopotów, o tyle w przypadku budynków zastosowanie różnych metod obliczania powierzchni użytkowej może paradoksalnie spowodować zmiany w zakresie procentu wykorzystania nieruchomości do celów działalności gospodarczej (z uwagi np. na różne zasady obliczania tzw. skosów). Wydaje się jednak, że z uwagi na fakt, iż dla celów podatku od nieruchomości podatnik również zobligowany jest do wskazania jaką część nieruchomości przeznacza na cele działalności gospodarczej (i opodatkowuje wyższą stawką podatku pod nieruchomości) najbardziej celowe byłoby przyjęcie wyliczeń stosowanych dla potrzeb obliczania podatku od nieruchomości.