Powyższą zasadę stosuje się jednak z uwzględnieniem umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, których stroną jest Rzeczpospolita Polska.
Zwykle postanowienia umów o unikaniu podwójnego opodatkowania przewidują bardziej korzystne warunki opodatkowania niż przepisy krajowe – umożliwiają zastosowanie niższej stawki podatku, a nawet niepobranie tego podatku w ogóle. Aby jednak możliwym było zastosowanie tych rozwiązań należy spełnić warunek wskazany w art. 26 ust. 1 ustawy o PDOP, zgodnie z którym „zastosowanie stawki podatku wynikającej z właściwej umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania albo niepobranie podatku zgodnie z taką umową jest możliwe pod warunkiem udokumentowania miejsca siedziby podatnika dla celów podatkowych uzyskanym od podatnika certyfikatem rezydencji”.
Powyższe regulacje nie powinny budzić większych wątpliwości w sytuacji, gdy należności, np. z tytułu usług doradczych, wypłacane będą bezpośrednio do kontrahenta (podmiotu nieprowadzącego działalności za pośrednictwem oddziałów lub do jego centrali). W takiej sytuacji, uzyskanie od kontrahenta (podatnika) certyfikatu rezydencji potwierdzającego, że w momencie wypłaty należności był on rezydentem podatkowym danego państwa, daje prawo do zastosowania postanowień właściwej umowy międzynarodowej. Wątpliwości mogą jednak pojawić się w sytuacji, gdy należności te będą wypłacane nie do centrali, a do oddziału tego kontrahenta, który na dodatek znajduje się w innym państwie niż siedziba kontrahenta – przykładowo, siedziba kontrahenta (i jego centrala) znajduje się we Francji, a należności wypłacane są do oddziału znajdującego się w Niemczech. Wówczas może pojawić się dylemat, którą z umów międzynarodowych – z Francją czy z Republiką Federalną Niemiec – należy w tej sytuacji zastosować? I od którego podmiotu – centrali czy oddziału – uzyskać certyfikat rezydencji?
Udzielając odpowiedzi na powyższe pytania należy mieć na względzie charakter oraz status prawny oddziału. Ta zazwyczaj wyodrębniona organizacyjnie i majątkowo część przedsiębiorstwa jest bowiem z zasady jedynie jednostką organizacyjną przedsiębiorstwa, nieposiadającą osobowości prawnej. W konsekwencji, pomimo pewnej niezależności, oddział nie posiada odrębnej od przedsiębiorstwa podmiotowości prawnopodatkowej.
Analizując z kolei zakres podmiotowy umów o unikaniu podwójnego opodatkowania należy zwrócić uwagę na fakt, iż mają one co do zasady zastosowanie do osób mających miejsce zamieszkania lub siedzibę w danym państwie. W rozumieniu umowy dwustronnej, np. z Republiką Federalną Niemiec, określenie „osoba mająca miejsce zamieszkania lub siedzibę w Umawiającym się Państwie” oznacza osobę, która zgodnie z prawem tego Państwa podlega tam opodatkowaniu z uwagi na jej miejsce zamieszkania, miejsce stałego pobytu, miejsce zarządu albo inne kryterium o podobnym charakterze. Jednakże określenie to nie obejmuje osób, które podlegają opodatkowaniu w tym Państwie, w zakresie dochodu osiąganego tylko ze źródeł w tym Państwie lub z tytułu majątku położonego w tym Państwie. Oddział może być natomiast uważany za „zakład”, o ile spełnia przesłanki wskazane we właściwej umowie o unikaniu podwójnego opodatkowania. Niemniej, również utworzenie na terytorium danego państwa zakładu, nie powoduje powstania nowego podmiotu podatkowego w tym państwie – podmiotem takim pozostaje przedsiębiorca zagraniczny (tak np. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji indywidualnej z dnia 25 czerwca 2010 r., nr IPPB5/423-150/10-4/PS).
Z powyższego wynika, iż oddział nie powinien być uważany za rezydenta podatkowego w państwie, w którym prowadzi działalność – znaczenie ma rezydencja podatkowa „podatnika”, a więc w tym przypadku centrali kontrahenta. Nie istnieją zatem podstawy, aby w przypadku wypłaty należności z tytułu wspomnianych usług doradczych stosować postanowienia innej umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania, niż umowa właściwa ze względu na siedzibę kontrahenta (centralę). W omawianym przykładzie będzie to oznaczało, że zastosowanie powinna mieć umowa pomiędzy Polską a Francją, pomimo, że należności te wypłacane będą do oddziału znajdującego się w Niemczech. Również certyfikat rezydencji powinien zostać wydany przez władze podatkowe właściwe ze względu na siedzibę kontrahenta (Francja), gdyż zgodnie z art. 26 ust. 1 ustawy o PDOP, płatnik powinien posiadać dokument potwierdzający „miejsce siedziby podatnika”.
Na koniec warto także zauważyć, iż powyższe stanowisko jest zgodne z poglądami prezentowanymi przez organy podatkowe, czego przykładem może być m. in. interpretacja indywidualna wydana przez Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach w dniu 4 maja 2009 r., nr IBPBI/2/423-488/09/BG, czy też interpretacja indywidualna wydana przez Naczelnika Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie w dniu 6 kwietnia 2005 r., nr 1471/DPD2/423/8/05/HT/7.