Zagadnienie to jest szczególnie skomplikowane gdy wartość wnoszonego przez podatnika aportu na pokrycie udziałów, np. środka trwałego, jest istotnie wyższa od wartości nominalnej obejmowanych udziałów.
Zasadniczo, przepisy prawa gospodarczego dopuszczają taką możliwość: art. 154 par. 3 Kodeksu Spółek Handlowych wyklucza obejmowanie udziałów poniżej ich wartości nominalnej, jednocześnie wyraźnie wskazując, iż w przypadku objęcia udziałów powyżej ich wartości nominalnej, nadwyżkę przelewa się na kapitał zapasowy spółki, tzw. agio. Powyższe rozwiązania znajdują również zastosowania w przypadku spółek akcyjnych i obejmowania w nich akcji. Jak zatem określić dochód, tj. podstawę opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych w przypadku gdy osoba fizyczna obejmuje udziały o nominalnej wartości niższej niż wartość rynkowa przedmiotu aportu stanowiącego środek trwały? Przypomnijmy, stosownie do art. 17 ust. 1 pkt 9 ustawy PIT, przychodem z kapitałów pieniężnych jest nominalna wartość udziałów (akcji) w spółce mającej osobowość prawną albo wkładów w spółdzielni objętych w zamian za wkład niepieniężny. Przepis ten literalnie wskazuje w jaki sposób określić przychód dokonując przedmiotowej operacji: jest to dokładnie wartość nominalna objętych udziałów.
W celu określenia dochodu, który ma stanowić podstawę opodatkowania PIT, należy przeanalizować czy jest możliwość uwzględnienia kosztów uzyskania przychodów przy obejmowaniu udziałów w zamian za aport, a jeżeli tak, to jak określić ich wysokość. Ustawodawca przewidział możliwość rozpoznania kosztów uzyskania przychodów, a wyraz tego dał w art. 22 ust. 1e pkt 1 mówiąc, że wysokość kosztów uzyskania przychodów stanowi wartość początkowa przedmiotu wkładu, zaktualizowana zgodnie z odrębnymi przepisami, pomniejszona o sumę dokonanych przed wniesieniem tego wkładu odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art., 22h ust. 1 pkt 1, jeżeli przedmiotem wkładu niepieniężnego są środki trwałe lub wartości niematerialne i prawne. Oznacza to, że wnosząc aportem środek trwały, który został nabyty przez osobę fizyczną np. w drodze odpłatnego nabycia i nie był wcześniej amortyzowany, kosztem uzyskania przychodów dla tej osoby fizycznej z tytułu objęcia udziałów będzie cena nabycia wnoszonego aportem środka trwałego.
Wydaje się zatem, że rozpoznanie straty przez osobę fizyczną obejmującą udziały w spółce kapitałowej jest rzeczą prostą: wystarczy objąć udziały o niskiej wartości nominalnej, a różnicę między realną wartością wnoszonego aportem aktywa, a wartością nominalną obejmowanych udziałów ulokować w kapitale zapasowym. Jednakże, zagadnienie komplikuje ustęp 2. artykułu 17 Ustawy PIT, który stanowi, że przy ustalaniu wartości przychodów osiąganych również poprzez obejmowanie udziałów w spółce kapitałowej zastosowanie znajdują przepisy art. 19 Ustawy PIT, mówiące m.in. o tym, że w razie gdy cena za zbycie praw majątkowych oraz innych rzeczy bez uzasadnionej przyczyny znacznie odbiega od wartości rynkowej tych aktywów, organ podatkowy jest uprawniony do określenia przychodu w wartości rynkowej.
Wątpliwości rozwiał NSA w orzeczeniu z dn. 5 maja 2011 r., (sygn.: akt: akt II FSK 2186/09) twierdząc, że nie ma podstaw, aby określać wartość aportu na podstawie cen rynkowych w sytuacji, gdy wartość nominalna udziałów objętych za wniesiony aport różni się od wartości rynkowej. Jak wskazuje Sąd, art. 17 ust. 1 pkt 9 ustawy o PIT stanowi, iż podstawą ustalenia przychodu jest wartość nominalna obejmowanych udziałów.
Co więcej, art. 17 ust. 1 pkt 9 Ustawy PIT byłby zbędny – zdaniem Sądu – w przypadku gdyby dopuszczalne było również określanie przychodu na podstawie art. 19.
Warte jest podkreślenia, że organy podatkowe również przyjmują stanowisko sądów administracyjnych, a jako przykład można wskazać aktualną interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 11 maja 2012 r. (sygn.: akt: IPPB2/415-186/12).
