W związku z powyższym, należy również przeanalizować oprócz praw, również i obowiązki podatnika w trakcie kontroli podatkowej.
W trakcie trwającej kontroli podatkowej, należy mieć na uwadze, że zgodnie z art. 287 OP kontrolowany, osoba upoważniona do reprezentowania kontrolowanego lub prowadzenia jego spraw (upoważniony zastępca), pracownik oraz osoba współdziałająca z kontrolowanym są zobowiązani umożliwić organowi kontrolnemu wykonywanie czynności, o których mowa w art. 286 OP, tj. m.in.:

• umożliwić wstęp na grunt oraz do budynków, lokali lub innych pomieszczeń; wstęp do lokali mieszkalnych;
• okazać majątek podlegający kontroli celem umożliwienia dokonania jego oględzin;
• udostępnić akta, księgi i wszelkiego rodzaju dokumenty związane z przedmiotem kontroli;
• przeprowadzić na żądanie organu kontrolującego spis z natury;
• wydać (za pokwitowaniem) na czas trwania kontroli próbki towarów, akta, księgi i dokumenty związane z przedmiotem kontroli.

Powyższy katalog obowiązków nie jest oczywiście katalogiem zamkniętym. Obowiązkiem kontrolowanego jest także uczestniczenie w kontroli w zakresie jaki wyznaczył mu kontrolujący, wynikającym z treści art. 287 § 3 OP, a więc udzielania wszelkich wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli w terminie określonym przez kontrolującego oraz dostarczanie żądanych dokumentów. W tym zakresie będzie miał zastosowanie art. 189 OP (w zw. z art. 292 OP), który upoważnia organ podatkowy do wyznaczenia stronie terminu do przedstawienia dowodu będącego w jej posiadaniu, przy czym termin ten ustalony powinien być z uwzględnieniem charakteru dowodu i stanu postępowania (minimalny termin nie może być jednak krótszy niż 3 dni).

Na podatniku ciąży obowiązek udzielenia w wyznaczonym terminie wszelkich wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli, obowiązek dostarczenia kontrolującemu żądanych dokumentów oraz obowiązek zapewnienia kontrolującemu warunków do pracy (jeżeli to możliwie podatnik powinien udostępnić organowi kontrolującemu samodzielne pomieszczenie i miejsce do przechowywania dokumentów).

Oprócz obowiązków spoczywających na podatniku, również na osobach upoważnionych do reprezentowania lub prowadzenia jego spraw, pracownikach oraz osobach z nim współdziałających spoczywa obowiązek udzielania wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli, w zakresie wynikającym z wykonywanych czynności lub zadań. Osobą współdziałającą z podatnikiem jest osoba, która działa na jego rzecz, lecz nie jest jego pracownikiem (np. osoby, którym kontrolowany zlecił w drodze odpowiedniej umowy wykonanie określonej czynności, doraźnie lub na czas stały – zleceniobiorcy, wykonawcy dzieł). Za osobę współdziałającą z kontrolowanym może uchodzić również podmiot, który sprawuje stałą obsługę kontrolowanego (np. stała obsługa prawna bądź księgowa).