Jednym z instrumentów wymuszających zgodność prawa krajowego z unijnym jest postępowanie o naruszenie prawa, które może zostać wszczęte przez Komisję Europejską wobec państwa łamiącego zasady zgodności treści aktów wewnętrznych ze wspólnotowymi.

Obecnie Komisja Europejska zarzuca Polsce niezgodność przepisów wewnętrznych w kilkunastu sprawach celnych i podatkowych (znajdują się one na różnym etapie zaawansowania). Przykładowo, w dniu 14 maja 2009 r. Komisja Europejska wysłała do rządu polskiego tzw. uzasadnioną opinię (to drugi etap postępowania), zarzucając Polsce dyskryminację zagranicznych funduszy emerytalnych i funduszy inwestycyjnych w zakresie opodatkowania odsetek i dywidend wypłacanych do tych podmiotów.

Dyskryminacja ma dotyczyć następujących uregulowań ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych („updop”). Po pierwsze na podstawie art. 6 ust. 1 pkt 10 i 11 updop zwalnia się od podatku fundusze inwestycyjne działające na podstawie przepisów ustawy z dnia 27 maja 2004 r. o funduszach inwestycyjnych oraz fundusze emerytalne utworzone na podstawie przepisów o organizacji i funkcjonowaniu funduszy emerytalnych. Z literalnego brzmienia przepisów wynika, że zwolnienie ma zastosowanie wyłącznie do podmiotów utworzonych na podstawie prawa polskiego, co oznacza, że fundusze inwestycyjne oraz emerytalne działające na mocy ustawodawstwa innego państwa członkowskiego UE nie mogą korzystać z tych przywilejów.

Po wtóre, odsetki wypłacane instytucjom finansowym nie będącym polskimi rezydentami podlegają podatkowi u źródła w wysokości 20% kwoty odsetek brutto. Te same odsetki wypłacane polskim podmiotom będą podlegać opodatkowaniu tylko od kwoty netto, tj. po odliczeniu powiązanych kosztów (np. odsetek płaconych wierzycielom).

W odpowiedzi na postępowanie Komisji jeszcze w sierpniu 2009 r. Ministerstwo Finansów przedstawiło założenia do projektu ustawy o zmianie updop, w świetle którego korzystanie ze zwolnienia przez odpowiednie instytucje zagraniczne wymagałoby spełnienia szeregu warunków. Powyższe założenia nie przełożyły się jednak na konkretne zapisy projektu ustawy o zmianie updop. W przypadku braku reakcji na uzasadnioną opinię oraz braku nowelizacji odpowiednich zapisów ustawy, nie można wykluczyć w najbliższym czasie złożenia przez Komisję Europejską odpowiedniego wniosku do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości.