Wprowadzenie przedmiotowo – podmiotowych warunków zastosowania zwolnienia z opodatkowania może w praktyce doprowadzić w licznych przypadkach do dyskusji z organami podatkowymi co do zakresu stosowania zwolnienia. Pojawia się również problem refakturowania usług opieki medycznej zwolnionych z opodatkowania na podstawie wspomnianych przepisów –  odsprzedawanych przez pierwotnych nabywców na rzecz osoby trzeciej.

Z uwagi na fakt, iż obecnie zwolnieniu z opodatkowania podlegać mają tylko te usługi, które mają cel terapeutyczny, pojawia się pytanie o stawkę podatku jaka powinna mieć zastosowanie do opodatkowania czynności takich jak przeprowadzanie przez lekarza badań mających na celu wystawienie raportu dla potrzeb np. innego organu czy instytucji. Wątpliwości mogą dotyczyć również zasad opodatkowania pojawiających się w ostatnich latach potencjalnych możliwości leczenia z wykorzystaniem np. komórek macierzystych oraz usług świadczonych przez instytucje pobierające i przechowując komórki macierzyste uzyskane z krwi pępowinowej.

W kwestiach budzących wątpliwości podatnicy (jak również organy podatkowe) mogą jednakże korzystać z bogatego orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, który wielokrotnie dokonywał oceny zakresu zastosowania zwolnienia z opodatkowania VAT usług w zakresie opieki medycznej.

Trybunał wskazywał w przeszłości m.in. iż zwolnienie z opodatkowania nie jest uzależnione od formy prawnej, w jakiej działa podatnik świadczący usługi medyczne lub paramedyczne (wyrok z dnia 10 września 2002 r. C-141/00 Ambulanter Pflegedienst Kügler GmbH).

Ponadto interpretując przepisy dotyczące zwolnienia z opodatkowania świadczeń ściśle związanych z opieką medyczną, Trybunał wskazał, że usługi polegające na pobraniu i przekazaniu próbki w celu wykonania analizy laboratoryjnej, której celem jest poddanie pacjentów obserwacji i badaniom zapobiegawczym i które zostały zlecone przez lekarzy, a wykonywane są poza placówką medyczną, mogą podlegać zwolnieniu z opodatkowania (wyrok z dnia 11 stycznia 2001 r. C-76/99 Komisja przeciwko  Francji).

Zatem w przypadku gdy upoważniony pracownik służby zdrowia zarządza, w celu postawienia diagnozy i w celach terapeutycznych, iż próbka pobrana od jego pacjenta powinna zostać poddana analizie, przekazanie próbki, które w logiczny sposób ma miejsce między pobraniem próbki a jej analizą, musi być uznane za blisko związane z analizą i dlatego usługa tego rodzaju musi zostać zwolniona z opodatkowania.

W innej sprawie Trybunał uznał, że świadczenie przez placówkę medyczną usług  telefonicznych i wynajmowanie telewizorów osobom hospitalizowanym, jak również dostarczanie przez te same podmioty łóżek i posiłków osobom towarzyszącym pacjentom, co do zasady nie stanowi działalności ściśle związanej z opieką szpitalną i medyczną w rozumieniu Dyrektywy VAT. W ocenie Trybunału zwolnienie z opodatkowania usług w zakresie opieki medycznej ma gwarantować, że nie zostanie zamknięty dostęp do opieki medycznej i szpitalnej z powodu kosztów powstałych wskutek tej opieki. Opieka medyczna to według orzecznictwa taka opieka, której celem jest diagnoza, leczenie i, gdy to możliwe, zwalczanie chorób lub anomalii zdrowotnych (wyrok z 1 grudnia 2005 r. C-394/04 Diagnostiko & Therapeftiko Kentro Athinon-Ygeia AE v. Ypourgos Oikonomikon).

W ocenie Trybunału jedynie świadczenie usług, które logicznie wpisują się w ramy dostarczania usług opieki szpitalnej i medycznej, które w procesie świadczenia tych usług stanowią etap niezbędny, aby osiągnąć cele terapeutyczne, którym te ostatnie służą, mogą stanowić 'działalność ściśle związaną z opieką medyczną i tym samym podlegać zwolnieniu z VAT. Z tych względów nie będzie objęte zakresem zwolnienia m.in. sporządzanie raportów czy zaświadczeń o stanie zdrowia danej osoby potrzebne np. organom administracji do podjęcia decyzji o przyznaniu renty czy sporządzanych na potrzeby postępowania sądowego. Generowanie takich dokumentów nie ma bowiem celu terapeutycznego i może być uznane za mające jedynie administracyjny charakter (wyrok z 20 listopada 2003 r. C-307/01 Peter d’Ambrumenil).

Trybunał również dwukrotnie orzekał w sprawach dotyczących tzw. banków komórek macierzystych, których usługi polegają na uzyskaniu z krwi pępowinowej komórek macierzystych i po ich odpowiednim spreparowaniu – przechowywaniu przez okres objęty umową.

Jak wskazał Trybunał, jeżeli czynności wykonywane przez podatnika mają jedynie zagwarantować, że szczególny środek będzie dostępny w celu leczenia medycznego w hipotetycznej sytuacji, gdy stanie się on niezbędny, a nie służą, jako takie, diagnozowaniu, opiece oraz, w miarę możliwości, leczeniu chorób lub zaburzeń zdrowia, to takie czynności, niezależnie od tego, czy będą rozpatrywane łącznie, czy też oddzielnie, nie są objęte zakresem pojęcia „opieka szpitalna i medyczna”, ani zakresem pojęcia „świadczenie opieki medycznej”. Inaczej by było, gdyby analiza krwi pępowinowej rzeczywiście miała na celu umożliwienie dokonania diagnozy lekarskiej (wyrok z 10 czerwca 2010 r. C-262/08 CopyGene A/S, wyrok z 10 czerwca 2010 r. C-86/09 Future Health Technologies Ltd).

Jak zatem wskazuje Trybunał, jeżeli wykonywane czynności mają służyć nie potencjalnej lecz faktycznie wykonywanej terapii korzystać będą ze zwolnienia z opodatkowania. Tak właśnie orzekł Trybunał oceniając czy usługi polegające na oddzielaniu komórek chrząstek stawowych z materiału chrząstkowego pobranego od człowieka i późniejsze ich pomnażanie w celu ponownego wszczepienia dla celów terapeutycznych stanowi „świadczenie opieki medycznej” w rozumieniu Dyrektywy VAT. Trybunał wskazał, że omawiane usługi korzystają ze zwolnienia z uwagi na fakt, iż służą one celom terapeutycznym – pobrany materiał po przetworzeniu jest wszczepiany dawcy lub osobie trzeciej (wyrok z 18 listopada 2010 r. w sprawie C-156/09 VTSI Transplantation Service International AG.).