Dotychczasowy zakres zwolnienia z opodatkowania obejmujący swoim zakresem grupowanie 85 Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług był szeroki, głównie ze względu na objecie grupowaniem 85 kategorii „usług w zakresie ochrony zdrowia pozostałych”.

Obecnie natomiast zakresem zwolnienia objęte są usługi w zakresie opieki medycznej, służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia, świadczone m.in. przez lekarzy i lekarzy dentystów. Wprowadzenie celu terapeutycznego bądź profilaktycznego jako przesłanki zwolnienia z opodatkowania stawia pod znakiem zapytania możliwość zwolnienia z VAT usług świadczonych przez lekarzy związanych z monitorowaniem działania leków (badań nieinterwencyjnych) i podobnych aktywności podejmowanych na zlecenie firm farmaceutycznych. Kontrowersje dotyczą również możliwości stosowania zwolnienia z opodatkowania usług badań klinicznych świadczonych przez badaczy.

W efekcie w wielu przypadkach usługi świadczone przez lekarzy, które dotychczas podlegały zwolnieniu z opodatkowania, na mocy obecnie obowiązujących przepisów podlegać będą opodatkowaniu.

Dla lekarzy świadczących usługi na rzecz firm farmaceutycznych zmiana w zakresie opodatkowania usług medycznych może oznaczać konieczność rejestracji dla celów VAT.  Warto jednak przypomnieć, iż od początku tego roku limit wysokości obrotów, które uprawniają do podmiotowego zwolnienia z opodatkowania wzrósł do 150.000 zł (art. 113 ustawy o VAT).

Jeżeli zatem wartość sprzedaży opodatkowanej w poprzednim roku podatkowym nie przekroczyła kwoty 150.000 zł, możliwe jest nieobciążanie świadczonych usług podatkiem VAT z uwagi na korzystanie przez podatnika – lekarza ze zwolnienia podmiotowego, mimo iż co do zasady świadczone przez niego usługi objęte są VAT.

Do wskazanego powyżej limitu kwotowego nie wlicza się wartości usług świadczonych przez podatnika w poprzednim roku podatkowym, które podlegały zwolnieniu z opodatkowania. Większość usług świadczonych przez lekarzy do 1 stycznia 2011 r. podlegała zwolnieniu z opodatkowania VAT z uwagi na szeroki zakres zwolnienia z VAT usług z zakresu ochrony zdrowia. Wobec powyższego, mimo iż obroty z tytułu świadczenia usług osiągnięte przez określonego lekarza mogły znacznie przekroczyć pułap 150.000 zł, obrót brany pod uwagę w celu określenia możliwości skorzystania ze zwolnienia podmiotowego na podstawie art. 113 ustawy o VAT mógł wynieść nawet zero złotych.

W takim przypadku nie jest konieczne rejestrowanie się dla celów VAT na podstawie art. 96 ustawy o VAT.
Może jednak okazać się, iż rezygnacja ze zwolnienia podmiotowego i uzyskanie statusu czynnego podatnika VAT – mimo konieczności odprowadzania VAT należnego od świadczonych usług – może być korzystne dla podatnika. Status czynnego podatnika VAT oznacza bowiem możliwość odliczania VAT od nabytych towarów i usług służących wykonywaniu działalności opodatkowanej VAT.

Świadczenia wykonywane na rzecz pacjentów, a zatem prowadzenie praktyki lekarskiej polegającej na działaniach terapeutycznych i profilaktycznych na rzecz pacjentów nadal, na mocy art. 43 ust. 1 pkt 19 ustawy o VAT, jest zwolnione z opodatkowania VAT. Cena podstawowych usług świadczonych przez lekarza na rzecz pacjentów nie ulegnie zatem zmianie – stawka VAT w tym zakresie pozostaje bez zmian.

Natomiast VAT doliczany do wartości usług świadczonych na rzecz czynnych podatników VAT jakimi są firmy farmaceutyczne, będzie neutralny dla nabywcy usług. Cena usług świadczonych przez lekarzy i nabywanych przez firmy farmaceutyczne nie ulega zatem de facto zmianie.

W przypadku rezygnacji ze zwolnienia podmiotowego (na podstawie art. 113 ust 4 ustawy o VAT) i opodatkowania usług wykonywanych na rzecz firm farmaceutycznych lekarze będą mogli odliczyć pełną kwotę VAT naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług przeznaczonych do wykonywania działalności opodatkowanej VAT. W stosunku do nabytych towarów i usług, które są przez nich wykorzystywane do prowadzenia obu rodzajów działalności – czyli zwolnionej i opodatkowanej VAT – podatnicy będą uprawnieni do proporcjonalnego odliczenia VAT (do tego rodzaju kosztów można zaliczyć np. opłaty za energię elektryczną zużywaną w gabinecie czy czynsz za najem lokalu).

W tych wszystkich przypadkach, gdy charakter wykonywanej przez lekarzy na rzecz firm farmaceutycznych działalności może budzić kontrowersje w zakresie stawki VAT jaka powinna mieć zastosowanie (np. badania nieinterwencyjne polegające nie tylko na zbieraniu i przetwarzaniu danych ale również na kontaktach z pacjentem i wykonywaniu określonych badań i obserwacji), podatnik świadczący usługi może zwrócić się z wnioskiem o interpretację przepisów prawa podatkowego do Ministra Finansów.

Warto podkreślić, iż zastosowanie niewłaściwej stawki VAT może mieć wpływ na sytuację podatkową nie tylko podmiotu świadczącego usługi, ale również – w przypadku zastosowania stawki podstawowej zamiast zwolnienia z VAT – może być źródłem problemów dla nabywcy usług. Na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 2 nie jest bowiem możliwe odliczenie VAT, gdy transakcja powinna była być zwolniona z opodatkowania VAT.