Jedyną regulacją, która zawiera wskazówki co do tego, kiedy należy zaprzestać amortyzowania środków trwałych jest art. 16c pkt 5 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, zgodnie z którym amortyzacji nie podlegają składniki majątku, które nie są używane na skutek zawieszenia wykonywania działalności gospodarczej na podstawie przepisów o swobodzie działalności gospodarczej albo zaprzestania działalności, w której te składniki były używane; w tym przypadku składniki te nie podlegają amortyzacji od miesiąca następującego po miesiącu, w którym zawieszono albo zaprzestano tę działalność. Jednocześnie jednak ustawodawca nie wyjaśnia, co dokładnie oznacza sformułowanie zaprzestanie działalności. Brak doprecyzowania powyższego pojęcia spowodował rozbieżności co do jego rozumienia w praktyce.

W przeszłości organy podatkowe uważały, że nawet krótka przerwa w używaniu środka trwałego uniemożliwia jego amortyzację. W szczególności urzędy skarbowe powoływały się na definicję środka trwałego, z której wynika, że musi on być wykorzystywany przez podatnika na potrzeby związane z prowadzoną przez niego działalnością gospodarczą (albo oddane do używania na podstawie umowy najmu, dzierżawy lub umowy leasingu).

W ostatnim czasie możemy jednak obserwować zmianę podejścia organów podatkowych do powyższej kwestii. Co do zasady akceptują one stanowiska podatników, że przez zaprzestanie działalności należy rozumieć jedynie całkowite zaniechanie danego rodzaju działalności, czego skutkiem jest nieużywanie danego składnika majątku. Przejściowe zaprzestanie użytkowania danych środków trwałych nie może być natomiast przesłanką uzasadniającą zaprzestanie dokonywania odpisów amortyzacyjnych.

Powyższe stanowisko znalazło również potwierdzenie w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 20 października 2011 r., sygn. akt II FSK 725/10. W analizowanym przez sąd stanie faktycznym podatnik czasowo wyłączył z używania środek trwały w związku z jego uszkodzeniem (doszło do kradzieży części składowej urządzenia). Organy podatkowe odmówiły uznania za koszt uzyskania przychodów kwot odpisów amortyzacyjnych od powyższego środka trwałego w oparciu o treść art. 16c pkt 5 ustawy o PDOP. Powyższe stanowisko poparł również Wojewódzki Sąd Administracyjny rozpatrujący skargę podatnika.

NSA uchylił negatywne rozstrzygnięcie WSA potwierdzając, iż tylko całkowite zaprzestanie danego rodzaju działalności, w której używano dany środek trwały (składnik majątku) uzasadnia zaprzestanie jego amortyzacji na zasadach określonych w ustawie o podatku dochodowym.