W praktyce okazuje się, że system MF popełnia błędy przy sumowaniu PIT-11 nie stosuje limitu kosztów autorskich, a tym samym zaniża podatek należny do zapłaty.
Niezależnie od faktu, iż błąd popełnia system Ministerstwa, odpowiedzialność i tak spoczywa na podatniku i to on będzie zobowiązany dopłacić zaległy podatek.