Wątpliwości budzi kwestia zabezpieczenia danych objętych tajemnica handlową oraz kosztów związanych z uzyskaniem przez wszystkich przedsiębiorców łączy internetowych za pomocą których e-paragony będą mogły zostać przesłane.
Plany MR może ograniczyć raport UKE, zgodnie z którym bez dostępu do sieci jeszcze przez dłuższy czas znajdzie się 722 najmniejszych miejscowości w Polsce.