W sytuacji, gdy w danym miesiącu pracownik uzyskuje przychód zarówno w postaci świadczenia pieniężnego oraz świadczenia rzeczowego, płatnik nie powinien mieć technicznych problemów z potrąceniem kwoty należnej zaliczki z kwoty świadczenia pieniężnego. Inaczej wygląda natomiast sytuacja płatnika, który w danym miesiącu dokonuje na rzecz pracownika wyłącznie świadczeń rzeczowych bądź kwota świadczeń pieniężnych uzyskiwana przez pracownika jest niższa od kwoty należnej zaliczki.
Przepisy podatkowe nie precyzują czy pracodawca ma obowiązek dokonywania wpłat zaliczki na podatek dochodowy od świadczeń w naturze, jeśli z powodów od niego niezależnych nie był w stanie wcześniej pobrać kwoty zaliczki z wynagrodzenia pracownika. Kwestia ta ma szczególne znaczenie, gdy pracownikom zapewnia się określone świadczenia rzeczowe (np. ubezpieczenie medyczne) za okres, w którym nie świadczą oni pracy i nie uzyskują od pracodawcy wynagrodzenia pieniężnego, np. w trakcie pobierania zasiłku chorobowego lub macierzyńskiego.
Warto zwrócić uwagę, iż ustawodawca uregulował kwestię finansowania kwoty zaliczki należnej od świadczeń rzeczowych m.in. w odniesieniu do nagród i wygranych w konkursach oraz przychodów ze źródła jakim jest działalność wykonywana osobiście. Zgodnie z art. 41 ust. 1 ustawy o PIT, podatnik jest obowiązany wpłacić płatnikowi kwotę zaliczki lub należnego zryczałtowanego podatku przed udostępnieniem wygranej (nagrody) lub świadczenia. Wobec braku adekwatnej regulacji w odniesieniu do osób uzyskujących świadczenia rzeczowe w ramach stosunku pracy, praktyka pracodawców oraz organów podatkowych nie jest w tym zakresie jednolita.
Zdaniem niektórych organów podatkowych, w takim przypadku pracodawca powinien pokryć kwotę zaliczki z własnych środków, co nie wyklucza możliwości dochodzenia przez niego zwrotu tej kwoty od pracownika. Stanowisko to zostało zaprezentowane w interpretacji Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 23 października 2009 r., sygn. IPPB2/415-484/09-4/MK. Organ podatkowy stwierdził, iż: „żaden przepis ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych poza art. 41 ust. 7 i ust. 8 nie zwalnia płatnika od poboru zaliczki na podatek dochodowy z tytułu osiąganych przychodów ze stosunku pracy. Dokonana wpłata zaliczki przez pracownika pozostaje już w gestii rozliczeń pomiędzy pracownikiem, a pracodawcą. Należy zauważyć, że ani przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych ani przepisy ustawy ordynacja podatkowa nie zajmują się kwestią rozliczeń między płatnikiem, a podatnikiem, w sytuacji gdy płatnik zapłacił podatek z własnych środków. Pracodawca może żądać od pracownika zwrotu wpłaconego podatku, ale nie jako warunek wpłaty do urzędu skarbowego. Płatnik nie może pobrać zaliczki po ponownym rozpoczęciu dokonywania wypłat na rzecz pracownika.”
Inną koncepcję na rozwiązanie problemu poboru zaliczki od świadczeń rzeczowych zaprezentował Naczelnik Świętokrzyskiego Urzędu Skarbowego w postanowieniu z dnia 10 lipca 2006 r., sygn. RO/415-17/06:
”W przypadku, gdy nie ma możliwości pobrania zaliczek na podatek oraz składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne z wynagrodzenia pracownika, jak opisuje to spółka, realizację świadczeń ponoszonych za pracownika należy uwarunkować uprzednio dokonaną przez pracownika wpłatą o równowartości należnych zaliczek oraz składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne przypadających od tych świadczeń (przychodów). Przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych nie przewidują ubruttawiania wartości ponoszonych za pracownika świadczeń w celu obliczania i poboru podatku oraz nie zwalniają z obowiązku pobrania i odprowadzenia zaliczek na podatek oraz składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne. W informacji PIT-11/8B należy wykazać ww. świadczenia jako przychody ze stosunku pracy, kwoty pobranych z tego tytułu zaliczek na podatek oraz składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne”.
W ubiegłym roku w powyższej kwestii głos zabrał Minister Finansów, który w pismach z dnia 8 czerwca 2012 r., sygn. DD3/033/140/IMD/10/PK-424, oraz z dnia 20 lipca 2012 r.., sygn. DD3/033/67/IMD/12/PK-1270 jednoznacznie opowiedział się przeciw wyżej wskazanym koncepcjom. Minister Finansów stwierdził, iż z ustawy o PIT nie wynika, „aby płatnik, który nie ma faktycznych możliwości pobrania tej zaliczki, gdyż w danym miesiącu podatnik nie uzyskał dochodu w formie pieniężnej, był obowiązany zapłacić zaliczkę z własnych środków, a następnie dochodzić jej zwrotu od pracownika. Takie zobowiązanie nie wynika także z innych przepisów ustawy”. Minister Finansów podkreślił również, iż ustawa o PIT nie obliguje pracownika do wpłacenia stosownej zaliczki na podatek swojemu płatnikowi. Moim zdaniem należy zgodzić się ze stanowiskiem, iż w sytuacji, gdy z obiektywnych względów płatnik nie ma możliwości pobrania zaliczki bądź jej części, nie dokonuje on wpłaty zaliczki. Nie zmienia to natomiast faktu, iż wartość otrzymanego świadczenia rzeczowego powinna zostać uwzględniona w zeznaniu rocznym składanym przez pracownika.
