Stanowisko Trybunału Sprawiedliwości UE zajęte w sprawie C-414/07 Magoora nie oznacza, że od 1 maja 2004 r. do 31 grudnia 2010 r. można było odliczać podatku VAT od nabycia każdego samochodu firmowego oraz paliwa. Polskie regulacje wprowadzone 1 maja 2004 r. i później naruszały prawo unijne tylko wówczas, gdy po wejściu Polski do UE zakres ograniczeń prawa do odliczenia VAT w wypadku danego podatnika uległ rozszerzeniu – wyrok NSA z 19 kwietnia 2011 r., sygn. I FSK 1099/99.

Sąd rozstrzygnął spór w zakresie interpretacji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie C-414/7 Magoora.  NSA przyznał rację organom podatkowym kwestionując pozytywne dla podatników stanowisko WSA w Krakowie, zgodnie z którym, w wyniku orzeczenia Trybunału polskie przepisy ograniczające prawo do odliczania VAT zostały uchylone, a jedynym ograniczeniem przy dokonywaniu odliczenia VAT jest związek z wykonywaną działalności opodatkowaną. Oznacza to w praktyce, że z możliwości odliczenia podatku VAT mogą skorzystać jedynie podatnicy, którzy mieli takie prawo przed wejściem Polski do UE, a utracili je w wyniku zmian przepisów obowiązujących od 1 maja 2004 r. lub później. Natomiast niezgodność polskich regulacji z prawem wspólnotowym pozostaje bez znaczenia dla tych podatników, którzy również przez 1 maja 2004 r. nie mieli prawa do odliczenia podatku VAT od nabywanych pojazdów oraz paliwa do ich napędu.