Wspomniana nowelizacja zniosła miedzy innymi podział hipoteki na zwykłą i kaucyjną. Niestety ustawodawca nie dostosował odpowiednio przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, co doprowadziło do sytuacji, w której urzędy skarbowe w różny sposób interpretują przepisy i odmiennie określają wysokość podatku od  hipoteki.

Minister Finansów w piśmie skierowanym między innymi do Krajowej Rady Notarialnej wyjaśnił, że zmiana przepisów o księgach wieczystych i hipotece nie wpłynęła na stosowanie regulacji podatkowych. Stawka podatku od czynności cywilnoprawnych zależy bowiem od tego czy wierzytelność, na zabezpieczenie której ustanawiana jest hipoteka istnieje i czy została ustalona jej wysokość. Dlatego też, w sytuacji, gdy ustanowiona hipoteka będzie zabezpieczała wierzytelności istniejące, należy stosować stawkę podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości 0,1% kwoty zabezpieczonej wierzytelności. Podatek powinien natomiast wynosić 19 zł, gdy hipoteka zostanie ustanowiona na zabezpieczenie wierzytelności o wysokości nieustalonej lub na zabezpieczenie zarówno wierzytelności istniejących, jak i wierzytelności o wysokości nieustalonej. O ile inicjatywa Minister Finansów zmierzająca do wyjaśnienia wątpliwości powstałych w zakresie obliczania podatku od ustanowienia hipoteki może być oceniona pozytywnie, wydaje się że nadal niezbędne jest odpowiednie dostosowanie regulacji w tym zakresie do nowelizacji ustawy o księgach wieczystych i hipotece.