W wielu przypadkach sposób opodatkowania danej czynności jest uzależniony od dokonania odpowiedniej klasyfikacji statystycznej podejmowanych przez przedsiębiorcę działań. W celu właściwego określenia wykonywanej działalności podatnicy mają uprawnienie do wystąpienie m.in. do Głównego Urzędu Statystycznego z wnioskiem o wydanie opinii w przedmiocie klasyfikacji. Należy jednak pamiętać, iż opinie statystyczne GUS nie są wiążące dla organów podatkowych, czyli nie zabezpieczają podatników przed możliwością ich podważenia w trakcie postępowania podatkowego.

Sądy administracyjne niejednokrotnie podkreślały (zob. m.in. orzeczenie WSA w Warszawie z dnia 26 marca 2009 r., sygn. akt VIII SA/Wa 596/08; wyrok NSA z dnia 2 września 2008 r., sygn. akt I FSK 620/07), iż organy podatkowe przy ocenie przyjęcia prawidłowej klasyfikacji statystycznej powinny brać pod uwagę nie tylko opinie organów statystycznych, ale także opinie instytutów badawczych i to niezależnie od tego czy aktualnie mają one formalnie uprawnienia do wpływania na organy statystyczne przy dokonywaniu klasyfikacji. Należy tym samym podkreślić, iż opinie organów statystycznych z uwagi na brak możliwości poddania ich kontroli sadowoadministracyjnej stanowią jedynie jeden z dowodów w sprawie. Stanowiska organów statystyki publicznej mają zatem charakter opinii podlegających ocenie organów podatkowych.

W tym miejscu należy zwrócić uwagę na zasadę swobodnej oceny dowodów, która została wyrażona przez ustawodawcę w art. 191 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym organ podatkowy ocenia na podstawie zebranego w sprawie materiału dowodowego, czy dana okoliczność została udowodniona. Oznacza to, że organ administracji państwowej w ocenie materiału dowodowego nie jest skrępowany żadnymi regułami dowodowymi, a ustaleń faktycznych dokonuje według własnego przekonania, na podstawie wszechstronnie rozważonego materiału dowodowego. W doktrynie prawa podkreśla się, iż swobodna ocena dowodów, aby nie przerodziła się w samowolę, musi być dokonana z uwzględnieniem norm prawa procesowego i z zachowaniem reguł tej oceny.

Co istotne dla każdego podatnika, organy podatkowe oceniając materiał dowody powinny opierać się na materiale dowodowym zgromadzonym w toku postępowania, który to materiał musi być poddany wszechstronnej ocenie, a ocena ta powinna odnosić się do poszczególnych dowodów z uwzględnieniem ich znaczenia dla sprawy.