W związku z uproszczeniem procedury zwrotu VAT dokonywanego na rzecz podmiotów zagranicznych wniosek o zwrot ma składany w formie elektronicznej do właściwego dla podatnika zagranicznego organu podatkowego. Terminem do złożenia wniosku ma być zasadniczo 30 wrzesień roku następującego po roku, w którym nabyto towary lub usługi, w stosunku do których powstało prawo do odliczenia VAT. Jednakże mimo upływu w dniu 30 września 2010 r. terminu do złożenia wniosków o zwrot VAT za 2009 r. Ministerstwo Finansów zamierza przedłużyć termin na złożenie stosownego wniosku do 31 marca 2011 r.

Ministerstwo Finansów przygotowało projekt rozporządzenia w tym zakresie, które ma wejść w życie z dniem ogłoszenia w Dzienniku Ustaw, ale będzie mieć zastosowanie od 1 października 2010 r. Dodać jednak należy, że adresatem tych regulacji są zarówno polscy podatnicy, jak i podmioty zagraniczne składające wnioski o zwrot za pomocą środków komunikacji elektronicznej. Przepisy te przedłużą tym podmiotom termin do składania wniosków o zwrot za rok 2009.

Nowelizacja przepisów wynika z Dyrektywy 2008/9/WE z dnia 12 lutego 2008 r., która została implementowana do polskiego porządku prawnego w ustawie o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług z dnia 23 października 2009 r. (Dz.U. Nr 195, poz. 1504) oraz poprzez rozporządzenie Ministra Finansów w sprawie wniosków o zwrot podatku od wartości dodanej naliczonego w innym niż Rzeczpospolita Polska państwie członkowskim Wspólnoty Europejskiej z dnia 24 grudnia 2009 r. (Dz.U. Nr 224, poz. 1800). Regulacje te dotyczą zarówno podatników zagranicznych ubiegających się o zwrot podatku VAT na terytorium kraju, jak również podatników polskich, którzy mają zamiar wystąpić z wnioskiem o zwrot podatku VAT w innym państwie członkowskim WE.

Należy zaznaczyć, iż wniosek o zwrot podatku VAT w innym państwie członkowskim, zgodnie z ogólnymi regułami w zakresie odliczania podatku VAT powinien dotyczyć nabyć towarów i usług, które są związane z wykonywanie działalności gospodarczej.