W przedmiotowym orzeczeniu WSA wskazał, iż wynikający z art. 29 ust. 4a ustawy o VAT obowiązek posiadania potwierdzenia odebrania faktury korygującej przez odbiorcę jest sprzeczny z zasadą proporcjonalności podatku VAT. W tym miejscu warto wskazać, że na mocy art. 29 ust. 4a ustawy o VAT w przypadku gdy podstawa opodatkowania ulega zmniejszeniu w stosunku do podstawy określonej w wystawionej fakturze, obniżenia podstawy opodatkowania podatnik dokonuje pod warunkiem posiadania, przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, w którym nabywca towaru lub usługi otrzymał korektę faktury, potwierdzenia otrzymania korekty faktury przez nabywcę towaru lub usługi, dla którego wystawiono fakturę. Co istotne, uzyskanie potwierdzenia otrzymania przez nabywcę towaru lub usługi korekty faktury po terminie złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy uprawnia podatnika do uwzględnienia korekty faktury za okres rozliczeniowy, w którym potwierdzenie to uzyskano. Jedynie w przypadkach uregulowanych w art. 29 ust. 2b ustawy o VAT podatnik wystawiający fakturę korygującą może pomniejszyć podatek należny w momencie wystawienia faktury korygującej, bez konieczności posiadania potwierdzenia jej odbioru przez nabywcę. Wyjątek dotyczy m.in.: eksportu towarów, wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów czy też świadczenia usług telekomunikacyjnych, dostawy wody, energii elektrycznej i gazu.

Natomiast WSA w Warszawie wskazał, iż krajowe regulacje pozostają w sprzeczności z podstawową zasadą dotyczącą podatku VAT – proporcjonalnością. Przy czym należy zaznaczyć, iż zasada proporcjonalności uniemożliwia wprowadzania do porządku prawnego przepisów nieproporcjonalnych do realizowanego celu, które to dodatkowo uniemożliwiają w określonych sytuacjach skorzystanie z przysługujących podatnikowi praw (m. in. prawa do określenia podstawy opodatkowania jako kwoty należnej pomniejszonej o udzielone rabaty. Co prawda art. 90 ust. 1 Dyrektywy 112/2006 nadaje państwom członkowskim prawo do ustalenia warunków dotyczących obniżania podstawy opodatkowania, jednakże regulacje te nie powinny jednak naruszać zasady neutralności VAT ani też wprowadzać uciążliwych warunków proceduralnych trudnych do spełnienia przez podatników. Niewątpliwie do tego rodzaju uciążliwości należy zaliczyć unormowany w art. 29 ust. 4a ustawy o VAT możliwość odliczenia podatku należnego w momencie posiadania potwierdzenia odebrania faktury korygującej przez odbiorcę.

Niestety analizowane orzeczenie WSA w Warszawie wciąż nie daje podatnikom pewności, iż nie są oni zobligowani do posiadania potwierdzeń odbioru faktury korygującej. Trzeba bowiem mieć na uwadze, że w dniu 9 września 2009 r. WSA w Poznaniu (sygn. akt I SA/Po 632/09) wydał orzeczenie o odmiennej treści, zgodnie z którym krajowe przepisy w zakresie faktur korygujących są zgodne z prawem wspólnotowym.