Przykład: Polski przedsiębiorca transportowy nabył na terenie Austrii paliwo oraz uiścił opłaty za przejazd autostradą. W tym kontekście pojawia się wątpliwość, czy przedmiotowe wydatki należy odnieść do kosztów uzyskania przychodu w kwocie brutto, czy netto. Ponadto, jeżeli przedsiębiorca zdecyduje się na wystąpienie o zwrot austriackiego podatku, powstaje pytanie, czy otrzymana kwota zwrotu stanowi przychód podlegający polskiemu podatkowi dochodowemu.
W świetle przepisów ustaw o podatkach dochodowych od osób fizycznych oraz osób prawnych podatek od towarów i usług jest neutralny dla celów ustalania dochodu, tj. podatek naliczony nie stanowi kosztu uzyskania przychodu, o ile podatnikowi przysługiwało prawo do jego odliczenia, podczas gdy VAT należny nie jest przychodem podatkowym. Ustawy o podatkach dochodowych posługują się jednak pojęciem podatku od towarów i usług, nie definiując go. Tym samym kluczowa dla sprawy jest ocena, czy pojęcie to odnosi się jedynie do podatku pobieranego na podstawie polskiej ustawy o VAT, czy również na podstawie analogicznych ustaw pozostałych państw członkowskich.
Jakkolwiek ustawy o podatkach dochodowych nie definiują pojęć podatku od towarów i usług ani podatku od wartości dodanej, zawierają jednak definicję ustawy o podatku od towarów i usług, jest to polska ustawa o VAT z 11 marca 2004 r. (Dz. U. nr 54, poz. 535). Tym samym w celu zdefiniowania tych pojęć należy, w naszej ocenie, przede wszystkim odwołać się do brzmienia ustawy o VAT. Ponieważ w ustawie tej zdefiniowano pojęcie podatku od towarów i usług (art. 1 ustawy o VAT) i wprowadzono definicję podatku od wartości dodanej (określany jest on jako podatek nakładany na terytorium państwa członkowskiego, z wyjątkiem podatku od towarów i usług nakładanego ustawą o VAT, art. 2 pkt 11 ustawy o VAT), nie ulega wątpliwości, że przez „podatek od towarów i usług” polski ustawodawca rozumie jedynie podatek VAT, nakładany w Polsce. Natomiast gdy ma na myśli podatek VAT nakładany w którymś z innych państw członkowskich UE, posługuje się terminem „podatek od wartości dodanej”. Można więc stwierdzić, że ze względu na brak definicji w ustawach o podatkach dochodowych również na gruncie tych ustaw „podatek pod towarów i usług” oznacza jedynie polski VAT.
Tym samym, przez wzgląd na brak tożsamości między pojęciami „podatku od towarów i usług” oraz „podatku od wartości dodanej”, moim zdaniem zagraniczny VAT nie jest neutralny dla celów podatków dochodowych, tj. stanowi koszt uzyskania przychodu w momencie nabycia towarów i usług od kontrahenta unijnego (zakładając, iż wydatek w ogóle stanowi koszt uzyskania przychodu) a jego zwrot jest dla polskiego podatnika przychodem podlegającym opodatkowaniu.
W tym kontekście warto zauważyć, iż organy podatkowe nie zajmują jednolitego stanowiska w przedmiotowej kwestii. Dla przykładu, Izba Skarbowa w Katowicach w interpretacjach z 16 marca 2009 r. (IBPBI/1/415-1007/08/BK) i z 9 kwietnia 2009 r. (IBPBI/1/ 415-276/09/KB) potwierdza reprezentowaną powyżej opinię na temat braku neutralności podatku od wartości dodanej na gruncie podatków dochodowych. Równocześnie, w interpretacjach organów podatkowych spotkać można przeciwny pogląd, w świetle którego polski VAT i podatek od wartości dodanej nakładany w innych krajach Unii Europejskiej stanowią podatki tożsame, a tym samym są neutralne dla celów ustalania dochodu polskiego podatnika, np. Izba Skarbowa w Poznaniu w interpretacjach z 10 czerwca 2009 r. (ILPB1/415-360/09-2/IM) i z 25 września 2009 r. (ILPB3/423-488/09-3/MM), a także Izba Skarbowa w Bydgoszczy w interpretacji z 21 grudnia 2009 r. (ITPB3/423-564a/09/AM).