Co do zasady, termin przedawnienia wynosi 5 lat licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Warto jednak pamiętać, że w określonych sytuacjach okres, który może zostać skontrolowany przez fiskusa, może ulec wydłużeniu. Takie konsekwencje niesie ze sobą w szczególności rozliczenie przez podatnika straty podatkowej bądź amortyzacja niektórych środków trwałych.

Podatnicy podatku dochodowego od osób prawnych, którzy zadeklarowali stratę podatkową, a następnie rozliczyli ją w ciągu kolejnych pięciu lat (przy czym w każdym roku podatkowym rozliczyli nie więcej niż 50% tej straty), nie są objęci ogólną zasadą pięcioletniego okresu przedawnienia. Organy podatkowe są bowiem uprawnione do wszczęcia postępowania oraz wydania decyzji podatkowej określającej wysokość poniesionej straty do czasu przedawnienia się zobowiązania podatkowego za rok podatkowy, w którym podatnik pomniejszył dochód o poniesioną stratę. W praktyce oznacza to, że okres przedawnienia może wydłużyć się nawet o 5 lat, czyli o czas w jakim podatnik jest uprawniony do rozliczenia straty podatkowej. Warto podkreślić, że takie stanowisko znajduje odzwierciedlenie w orzecznictwie sądów administracyjnych, przykładowo w wyroku NSA z dnia 25 stycznia 2012 r. (sygn. akt II FSK 1345/10), w którym to sąd orzekł, że „decyzja odzwierciedlająca stratę może zostać wydana tak długo, jak długo możliwa jest weryfikacja deklaracji za rok podatkowy, w którym strata ta została odliczona”.

Kolejnym przykładem sytuacji, gdy organy podatkowe dysponują dłuższym okresem na przeprowadzenie weryfikacji rozliczań podatkowych podatnika jest dokonywanie amortyzacji środków trwałych przez czas dłuższy niż 5 lat – przykładowo nieruchomości, w przypadku których odpisy amortyzacyjne rozliczane są nawet przez okres 40 lat. W związku z faktem, iż dokonywane przez podatnika odpisy amortyzacyjne stanowią koszty uzyskania przychodów, a więc wpływają na wysokość ustalonego dochodu (straty), podatnik jest zobowiązany do przechowywania dokumentacji uzasadniającej wysokość odpisów do czasu upływu okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego roku, w którym zakończono amortyzację. Powyższe oznacza, że również w przypadku amortyzacji odłożeniu w czasie ulegnie moment, do upływu którego organy podatkowe będą mogły skontrolować rozliczenia podatnika, w szczególności wysokość oraz sposób dokonywania odpisów amortyzacyjnych. Powyższe potwierdził m.in. Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w interpretacji z dnia 7 września 2012 r. (sygn. IBPBI/2/423-688/12/JD).

Reasumując, podatnicy powinni pamiętać, iż w niektórych sytuacjach okres, w którym fiskus może skontrolować ich rozliczenia podatkowe, może być znacznie dłuższy niż standardowe pięć lat. W przypadku zaistnienia takich okoliczności powinni zatem przechowywać dokumentację podatkową potwierdzającą wysokość zadeklarowanej podstawy opodatkowania odpowiednio dłużej, co pozwoli im ustrzec się przed negatywnymi konsekwencjami podatkowymi.