Zgodnie z art. 21 ustawy z dnia 30 maja 2008 r. o niektórych formach wspierania działalności innowacyjnej przedsiębiorcy posiadający status CBR mogą tworzyć tzw. fundusz innowacyjności, na który przekazują comiesięczny odpis w wysokości nieprzekraczającej 20% przychodów uzyskanych przez CBR w danym miesiącu. Środki z funduszu wykorzystane mogą być na pokrywanie kosztów prowadzenia badań i prac rozwojowych oraz kosztów związanych z uzyskaniem patentu na wynalazek. Odpis obciąża koszty działalności CBR, co umożliwia obniżenie podstawy opodatkowania zanim przedsiębiorca faktycznie dokona wydatku na badania, pace rozwojowe lub koszty związane z uzyskaniem patentu.

Szczegółowy wykaz wydatków, które mogą być finansowane Ministra funduszu innowacyjności zawiera Rozporządzenie Ministra Gospodarki z dnia 26 sierpnia 2009 r.w sprawie funduszu innowacyjności [Rozporządzenie]. Zgodnie z par. 3 i 4 Rozporządzenia, przedsiębiorca może przeznaczyć środki z funduszu innowacyjności m.in. na koszty wynagrodzeń osób zatrudnionych przy prowadzeniu badań i prac rozwojowych, koszty korzystania z aparatury badawczej lub innych urządzeń wykorzystywanych do prowadzenia ww. prac oraz koszty zakupu takiej aparatury/urządzeń, koszty zakupu budynków używanych do prowadzenia badań lub prac rozwojowych, koszty odpłatnego korzystania z gruntów używanych do prowadzenia takich prac (w tym opłat za przeniesienie własności gruntu, odsetki na kredyty zaciągniętego na zakup gruntu), koszty ekspertyz, opinii, usług doradczych doradczych inne.

W przypadku wydatków ponoszonych na uzyskanie patentu na wynalazek, środki z funduszu wykorzystane mogą być np. na przygotowanie dokumentacji zgłoszeniowej i dokonanie zgłoszenia wynalazku w odpowiednich organach (polskich lub zagranicznych), prowadzenie postępowania o udzielenie patentu oraz koszty odparcia zarzutów niespełnienia warunków wymaganych do uzyskania patentu.

Środki funduszu innowacyjności przedsiębiorca zobowiązany jest zaliczyć do przychodów z działalności w przypadku ich niewykorzystania w danym roku podatkowym – w wysokości niewykorzystanych środków. Podobnie przedsiębiorca zobowiązany jest postąpić w sytuacji utraty status CBR lub przeznaczenia środków z funduszu na cele inne niż wskazane w Rozporządzeniu.

W Sejmie znajduje się projekt ustawy przewidujący wydłużenie z roku o dwóch lat okresu, w jakim CBR-y muszą wykorzystać środki przekazane na fundusz innowacyjności.

Ponadto w Rozporządzeniu określono limity procentowe kosztów dla każdego rodzaju działalności badawczej, który podlega finansowaniu ze środków funduszu oraz możliwość ich zwiększenia, sposób obliczania wartości pomocy publicznej uzyskiwanej przez CBR oraz obowiązki informacyjne przedsiębiorcy i organów państwowych.
Co istotne, przedsiębiorstwo posiadające status CBR zwolnione jest również z płacenia podatku od nieruchomości, podatku rolnego i leśnego w zakresie przedmiotów opodatkowania wykorzystywanych na prowadzenie badań i prac rozwojowych.