Inaczej wygląda sytuacja z prawem do zastrzeżeń i wyjaśnień do protokołu kontroli.

Podatnikowi, który po zakończeniu kontroli podatkowej nie zgadza się z ustaleniami protokołu przysługuje zgodnie z art. 291 OP prawo do wniesienia w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia, zastrzeżeń lub wyjaśnień, przy równoczesnym wskazaniu stosownych wniosków dowodowych.

Z ww. prawa podatnicy korzystają najczęściej, ponieważ w większości wypadków ustalenia protokołu kontroli podatkowej, jako niekorzystne dla podatników, spotykają się z uzasadnionymi obiekcjami z ich strony. Prawo do składania zastrzeżeń i wyjaśnień wiąże się również z prawem do przeprowadzania wniosków dowodowych..

Uprawnienie do złożenia zastrzeżeń i wyjaśnień ma doniosłe znaczenie dla danej sprawy podatkowej, ponieważ w przypadku ich niezłożenia w ustawowym terminie przyjmuje się, że kontrolowany nie kwestionuje ustaleń kontroli. Powyższe potwierdził wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 9 listopada 2010 r., który wskazał ,,(…) Skoro niezłożenie wyjaśnień lub zastrzeżeń do protokołu w terminie określonym w 291 § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.) wywołuje określony skutek w postaci przyjęcia, że kontrolowany nie kwestionuje ustaleń kontroli to termin określony w art. 291 § 1 ustawy ma charakter materialny i nie podlega przywróceniu (…).”