Powyższe oznacza, że nie tylko w przypadku przedłużającego się postępowania kontroli podatkowej, lecz również w przypadku kontroli skarbowej podatnik posiada analogiczną gwarancje ochrony praw podatnika w zakresie nienaliczania odsetek za zwłokę. Jednakże wspomniane prawo przysługuje podatnikom dopiero od 1 lipca 2010 r. Jest to związane z nowe brzmienie art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej, który nie wyłącza stosowania art. 54 Ordynacji podatkowej do postępowań kontrolnych prowadzonych przez organy kontroli skarbowej. Równocześnie nowelizacja wprowadziła do art. 24 ustawy o kontroli skarbowej regulację zakazującą naliczania odsetek za zwłokę w przypadku prowadzenia przez organy kontroli skarbowej postępowania kontrolnego przez okres dłuższy niż 6 miesięcy.
Niestety przed do 1 lipca 2010 r., czyli do czasu wejścia w życie przedmiotowej nowelizacji, podatnicy nie mogli korzystać z podobnej ochrony prawnej w przypadku kontroli skarbowych, co prowadziło do tego, że prawa podatnika były uzależnione jedynie od tego, który organ wszczął postępowanie kontrolne.
