– Siostry i bracia, z wielkim wzruszeniem stajemy przy ciałach prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej, pana profesora Lecha Kaczyńskiego i jego małżonki Marii. Zginęli w katastrofie lotniczej wraz z innymi ważnymi osobami z życia publicznego naszego państwa w czasie pełnienia swej służby – mówił kard. Stanisław Dziwisz przed wprowadzeniem trumien do świątyni.
Trumny zostały wniesione do bazyliki, gdzie o godz. 14 rozpoczęła się uroczysta żałobna msza św.
W czasie uroczystości w świątyni znajduje się około 700 gości, w tym delegacje zagraniczne. Dla innych gości władze Krakowa przygotowały na Rynku Głównym przed kościołem ok. 5 tys. miejsc siedzących.
Według MSZ, w uroczystościach pogrzebowych wzięło udział delegacje z 18 państw. Do Bazyliki przybył także szef Parlamentu Europejskiego Jerzy Buzek.
Trumny Lecha i Marii Kaczyńskich złożono do sarkofagu umieszczonego w pomieszczeniu przed kryptą Józefa Piłsudskiego pod Wieżą Srebrnych Dzwonów.
Sarkofag wykonano z onyksu miodowego, o specyficznej, kryształkowej budowie, przepuszczającego światło i trwalszego niż alabaster. Ma prostą, szlachetną formę prostopadłościanu o wymiarach 238 x 154 x 60 cm. Na górnej płycie, ważącej ponad 400 kg, wykuto duży znak krzyża, na dłuższym boku umieszczono litery z imionami i nazwiskami pary prezydenckiej: Lech Aleksander Kaczyński, Maria Helena Mackiewicz Kaczyńska. Drugi długi bok sarkofagu przylega do ściany romańskiej krypty.
Sarkofag został zamontowany na metalowej konstrukcji. Jego podstawa została wykonana z tego samego granitu – Rosso Porino – z jakiego wykonana jest posadzka.
Projekt architektoniczny sarkofagu przygotowała Marta Witosławska, wykonawcą był krakowski artysta rzeźbiarz Jan Siuta. Krypta nazywana kryptą Piłsudskiego jest ostatnią na trasie zwiedzania grobów królewskich w katedrze na Wawelu. Wchodzi się do niej po opuszczeniu Krypty Wazów, obok umieszczonej w ścianie urny z ziemią z Katynia oraz pamiątkowej tablicy wmurowanej w 1990 r. z okazji 50. rocznicy zbrodni katyńskiej. W krypcie na kamiennym postumencie znajduje się metalowa trumna z ciałem marszałka Józefa Piłsudskiego.
Żelazna kuta krata oddziela kryptę Piłsudskiego od pomieszczenia, w którym znajduje się sarkofag Lecha i Marii Kaczyńskich. Jest to sala o ścianach z ciosów wapiennych z tynkowanym sklepieniem. W pomieszczeniu tym w przyszłości ma zostać umieszczona tablica z nazwiskami wszystkich ofiar katastrofy lotniczej pod Smoleńskiem. Razem z Parą Prezydencką śmierć poniosły w niej 94 inne ważne dla Polskie osoby.
Złożenie trumien w krypcie poprzedziło krótkie liturgiczne pożegnanie pary prezydenckiej w katedrze na Wawelu. Poprowadził je kardynał Stanisław Dziwisz. Trumny Lecha i Marii Kaczyńskich stały przed ołtarzem koronacyjnym królów polskich na katafalkach nakrytych czarną tkaniną z motywami lilii andegaweńskiej.
W tej części uroczystości uczestniczyli, oprócz rodziny, także przedstawiciele władz polskich oraz delegacje zagraniczne. Obecny był m.in. prezydent Gruzji Micheil Saakaszwili, który przybył do Krakowa spóźniony i nie uczestniczył w mszy pogrzebowej w Bazylice Mariackiej.
Z Bazyliki Mariackiej na Wawel Parę Prezydencką odprowadził kondukt żałobny, w którym szło kilkaset osób. Gdy kondukt mijał usytuowany u stóp Wawelu Krzyż Katyński, zabrzmiał Dzwon Zygmunta. Trumny przewożono na lawetach armatnich niemal do samego Wawelu, w ostatniej części trasy żołnierze nieśli je na ramionach.