Zgodnie z ustawą z 18 listopada 2004 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz o zmianie niektórych ustaw (Sz. U. 2004 r., Nr 254, Poz. 2533) zwolnienie to nie ma jednak w praktyce zastosowania aż do dnia 1 lipca 2013 r. – od 1 lipca 2009 r. obowiązuje podatek dochodowy w wysokości 5% przychodów.

Na skutek ostatnich zmian w ustawie o CIT, oprócz rozszerzenia zwolnienia na spółki z innych, niż należące do Unii Europejskiej, państw Europejskiego Obszaru Gospodarczego (art. 21 ust. 3 pkt 2) modyfikacji uległ także zapis dotyczący powiązania kapitałowego pomiędzy spółką wypłacającą należności (odsetki, należności licencyjne) a spółką uzyskującą przychody z tego tytułu.
Do momentu wejścia w życie ustawy nowelizującej, jednym z warunków zastosowania zwolnienia z opodatkowania było, aby zgodnie z art. 21 ust. 3 pkt 3 ustawy o CIT:

a) spółka będąca spółką wypłacającą należności posiadała bezpośrednio nie mniej niż 25% udziałów (akcji) w kapitale spółki uzyskującej przychody, lub
b) spółka uzyskująca przychody posiadała bezpośrednio nie mniej niż 25% udziałów (akcji) w kapitale spółki wypłacającej należności, lub
c) spółka podlegająca w państwie członkowskim Unii Europejskiej opodatkowaniu podatkiem dochodowym od całości swoich dochodów bez względu na miejsce ich osiągania, posiadała bezpośrednio – zarówno w kapitale spółki wypłacającej należności, jak i w kapitale spółki uzyskującej przychody – nie mniej niż 25% udziałów (akcji).

W drodze nowelizacji, dwie pierwsze przesłanki (lit. a i b) pozostały w niezmienionym brzmieniu, zmianie uległa natomiast trzecia z przesłanek (lit. c).

Obecnie ze znowelizowanego art. 21 ust. 3 pkt 3 wynika iż:

a) spółka będąca spółką wypłacającą należności posiada bezpośrednio nie mniej niż 25% udziałów (akcji) w kapitale spółki uzyskującej przychody, lub
b) spółka uzyskująca przychody posiada bezpośrednio nie mniej niż 25% udziałów (akcji) w kapitale spółki wypłacającej należności, lub
c) spółka uzyskująca przychody nie korzysta ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem dochodowym od całości swoich dochodów, bez względu na źródło ich osiągania.

Jak widać z powyższego porównania, w nowym brzmieniu przywołanego przepisu (lit c) ustawodawca zrezygnował z warunku powiązania kapitałowego. Zamiast tego wprowadził zapis o niekorzystaniu przez spółkę uzyskującą przychody ze zwolnienia z opodatkowania. Zmiana taka potencjalnie daje możliwość szerszego niż dotychczas zastosowania zwolnienia dla transgranicznych wypłat odsetek czy należności licencyjnych. Wynika to z faktu, iż ustawodawca modyfikując jedną z trzech przesłanek określonych w art. 21 ust. 3 pkt 3 ustawy, pozostawił pomiędzy przesłankami (a, b i c) spójnik „lub”, który stanowi alternatywę łączną. Zgodnie z zasadami logiki prawniczej, zastosowanie alternatywy łącznej oznacza, że warunek uznaje się za spełniony zarówno w sytuacji, gdy wszystkie wymienione przesłanki zostaną spełnione, jak i w sytuacji, gdy spełniona zostanie chociażby jedna z nich.

W związku z powyższym można pokusić się o stwierdzenie, że art. 21 ust. 3 pkt 3 ustawy o CIT w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2011 r. umożliwia zastosowanie zwolnienia z opodatkowania nie tylko należności i odsetek wypłacanych pomiędzy podmiotami powiązanymi kapitałowo (przesłanki z lit. a i b), ale także zwolnienie wypłat dokonywanych pomiędzy spółkami niepowiązanymi, o ile tylko, zgodnie z art. 21 ust. 3 pkt 3 lit. c ustawy o CIT, spółka uzyskująca przychody nie korzysta ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem dochodowym od całości swoich dochodów bez względu na źródło ich osiągania. Oczywiście należy przy tym pamiętać, że muszą zostać spełnione także pozostałe warunki zwolnienia wskazane w art. 21 ust. 3 ustawy o CIT, niemniej na skutek zmiany w pkt. 3lit. c tego przepisu oraz zastosowania alternatywy łącznej „lub” najtrudniejszy w realizacji warunek powiązania kapitałowego stał się jedynie przesłanką opcjonalną, która może, ale nie musi, być spełniona.

Wydaje się jednak, że powyższe rozwiązanie, choć bardzo korzystne dla podatników, nie było zamierzone przez ustawodawcę. Z uzasadnienia do projektu ustawy nowelizującej ustawę o CIT wynika bowiem, iż zmiany m. in. w art. 21 ust. 3 pkt. 3 lit c mają na celu dostawnie polskich przepisów do przepisów wspólnotowych, w tym do Dyrektywy Rady 2003/49/WE z 3 czerwca 2003 r. w sprawie wspólnego systemu opodatkowania stosowanego do odsetek oraz należności licencyjnych między powiązanymi spółkami różnych Państw Członkowskich. Z uwagi na fakt, że dyrektywa ta nakłada na państwa członkowskie obowiązek zwolnienia z opodatkowania odsetek i należności licencyjnych wypłacanych właśnie pomiędzy pomiotami powiązanymi, mało prawdopodobne jest to, że polski ustawodawca celowo, wykraczając poza ramy przepisów wspólnotowych, rozszerzył zakres zwolnienia z opodatkowania także na podmioty niepowiązane. Może to niestety stanowić jeden z argumentów negujących prawo do zwolnienia na powyższych zasadach, który to argument, w razie ewentualnych sporów z podatnikami, zapewne będą podnosić organy podatkowe. Nie zmienia to jednak faktu, iż mająca pierwszeństwo wykładania językowa obowiązujących przepisów przemawia na korzyść podatników.