Sam fakt braku rejestracji dla celów transakcji wewnątrzwspólnotowych (rejestracja VAT-UE) nie pozbawia podatnika prawa do zastosowania stawki zerowej, jeśli zgromadził wszystkie dokumenty potwierdzające, że towar faktycznie opuścił terytorium kraju, a po zrealizowaniu transakcji dopełnił obowiązek rejestracji. Przepis ustawy o VAT, zgodnie z którym wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów występuje pod warunkiem, że dokonującym dostawy jest podmiot zarejestrowany jako podatnik VAT-UE, jest niezgodny z prawem wspólnotowym. W taki właśnie sposób orzekł NSA w wyroku z dnia 20 marca 2011r. (sygn. I FSK 1579/10).

Wyrok NSA wskazuje na niedoskonałości polskiej ustawy o VAT oraz nieprawidłową implementację przepisów wspólnotowych w zakresie stosowania zwolnienia (w Polsce stawki 0% z prawem do odliczenia) do wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów. Zgodnie z art. 13 ust. 6 ustawy o VAT wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów występuje, jeśli dokonującym dostawy jest podmiot zarejestrowany jako podatnik VAT-UE. Jak słusznie wskazał Sąd, powyższy przepis jest niezgodny z prawem unijnym, gdyż wewnątrzwspólnotowa dostawa powinna być rozumiana jako kategoria obiektywna. Na jej wystąpienie nie ma wpływu formalny obowiązek rejestracji na potrzeby VAT-UE. Orzeczenie NSA jest pozytywne, pozwala bowiem na stosowanie stawki 0% przy dostawach wewnątrzunijnych dokonanych przed formalną rejestracją i uzyskaniem numeru VAT-UE, pod warunkiem zgromadzenia wymaganych dokumentów.