Nowelizacja wprowadziła ważne rozwiązania niedostępne dotychczas w przepisach krajowych, a dopuszczalne jako rozwiązania opcjonalne przewidziane w przepisach unijnych i znane z praktyki innych państw członkowskich (np. magazyn konsygnacyjny). Ponadto dokonano modyfikacji podstawowych rozwiązań konstrukcyjnych podatku oraz wprowadzono zmiany techniczne i poprawki wadliwych rozwiązań. Wprowadzone zmiany ewidentnie zmierzają do unowocześnienia i liberalizacji polskich regulacji VAT, które niestety wciąż są postrzegane jako jedne z najmniej przyjaznych dla przedsiębiorców, spośród wszystkich regulacji VAT krajów unijnych.

Poniżej przedstawiamy najbardziej istotne naszym zdaniem zmiany mogące mieć wpływ na działalność podatników.

Magazyn konsygnacyjny (call-off stock)

Instytucja magazynu konsygnacyjnego służy uproszczeniu w rozliczaniu VAT przez firmy zagraniczne.  Ułatwienie polega na możliwości stworzenia, z którego krajowy nabywca pobiera towary w miarę swoich potrzeb. Dopiero pobranie towaru przez krajowego odbiorcę rodzi skutki w podatku VAT (konieczność rozpoznania wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów). Sam przywóz towarów nie powoduje powstania obowiązku podatkowego z tego tytułu. Dzięki takiemu rozwiązaniu odbiorcy krajowi nie muszą utrzymywać wysokiego stanu zapasów materiałów. Instytucja ta znana jest w innych krajach i służy realizacji dostaw półproduktów w formule na czas (just in time). Co istotne, zgodnie z nowymi regulacjami w magazynie konsygnacyjnym mogę być przechowywane tylko towary służące działalności produkcyjnej lub usługowej.

Odroczone rozliczanie VAT od importu

Nową instytucją jest możliwość uproszczonego rozliczania VAT z tytułu importu towarów. Podatek należny z tytułu importu będzie rozliczany w deklaracji składanej za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy. Dotyczy to jednak wyłącznie towarów odprawianych w ramach procedury uproszczonej. Importerzy by skorzystać z tej instytucji powinni spełnić dodatkowo szereg warunków formalnych, m.in. przedstawić naczelnikowi urzędu celnego zaświadczenie o braku zaległości we wpłatach podatków i składek na ZUS.

Zwolnienie dostawy nieruchomości z opcją opodatkowania

Nowelizacja zakłada zwolnienie z VAT sprzedaży budynku, budowli, lub ich części pod warunkiem, że dokonywana jest ona w ramach pierwszego zasiedlenie lub przed nim, a pomiędzy pierwszym zasiedleniem a dostawą nieruchomości upłynął okres krótszy niż 2 lata. Strony umowy mogą jednak z tego zwolnienia zrezygnować jeśli złożą naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu dla nabywcy zgodne oświadczenie o wyborze opodatkowania, ponadto nabywca i sprzedający muszą być zarejestrowani jako podatnicy dla VAT.
Zwolniona z VAT jest także dostawa budynków, budowli lub ich części jeśli w stosunku do tych obiektów dostawcy nie przysługiwało prawo do odliczenia, niezależnie od tego czy budynek ma status używanego. Warunkiem zwolnienia jest nieponiesienie przez sprzedającego wydatków na ulepszenie obiektów wynoszących co najmniej 30% wartości podatkowej.

Likwidacja 30% sankcji

Nowelizacja przewiduje likwidację 30% sankcji nakładanej przez organ podatkowy lub organ kontroli skarbowej, w przypadku, gdy podatnik zaniżył kwotę podatku VAT podlegającego wpłacie do urzędu, lub zawyżył kwotę zwrotu podatku na rachunek bankowy albo kwotę podatku naliczonego podlegającego przeniesieniu na kolejne okresy rozliczeniowe. Przepisy przejściowe zakładają, iż do postępowań wszczętych i niezakończonych decyzją ostateczną  przed dniem wejścia w życie noweli stosuje się przepisy w brzmieniu nadanym nowelizacją. Co oznacza, że organy podatkowe oraz organy kontroli skarbowej (zarówno I i II instancji), wydając decyzję po 1 grudnia 2008 r. nie będą mogły zastosować sankcji.

[page_break]Odliczenie podatku naliczonego

Nowelizacja likwiduje przepis uniemożliwiający odliczenie podatku naliczonego z powodu niemożności zakwalifikowania wydatku jako kosztu uzyskania przychodu. Regulacja ta była sprzeczna z prawem wspólnotowym i prowadziła do naruszenia unijnej zasady trwałości (stand still) w zakresie ograniczenia prawa do odliczenia podatku naliczonego.
Ponadto podatnik będzie miał prawo do odliczenia podatku naliczonego w dacie otrzymania faktury lub w ciągu dwóch następnych okresów rozliczeniowych. Dotychczas można odliczyć podatek naliczony jedynie w dacie otrzymania faktury lub w następnym okresie rozliczeniowym.

Ujednolicenie terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym

Zgodnie z nowymi przepisami będzie obowiązywał jeden podstawowy 60-dniowy termin zwrotu podatku. Terminu 60-dniowego nie będzie można co do zasady zastosować do podatników, którzy:

W ich przypadkach termin na dokonanie zwrotu wynosi wyjątkowo 180 dni. Jeśli jednak podatnik złoży zabezpieczenie, wówczas  może odzyskać zwrot VAT w terminie przyspieszonym – 60 dni. Zachowano również okres 25 dni, tj. uzyskania zwrotu w terminie przyspieszonym.

Kurs wymiany

Zmiana ma znaczenie przy przeliczaniu wartości wyrażony w walutach obcych dla potrzeb VAT. Zakłada stosowanie kursu średniego NBP z ostatniego dnia roboczego poprzedzającego dzień powstania obowiązku podatkowego, a jeśli przepisy dopuszczają wystawienie faktury przed powstanie obowiązku podatkowego – z dnia poprzedzającego wystawienie faktury. Pozwoli to na uniknięcie rozbieżności w zakresie kursu stosowanego dla potrzeb VAT i potrzeb podatku dochodowego.

Inne istotne zmiany

[page_break]Ponadto nowelizacja wprowadza zmiany w następującym zakresie: