Dodatkowo, zgodnie z art. 57 ust. 1 Rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r., w okresie 5 lat od zakończenia projektu (okres ten może być skrócony do 3 lat w przypadku małych i średnich przedsiębiorstw), nie może on zostać poddany zasadniczym modyfikacjom. Przykładowo, jeżeli firma dostała dotację na zatrudnienie i w umowie o dotację zobowiązała się zwiększyć zatrudnienie o 10 nowych pracowników, nie może dokonywać zwolnień jeszcze przez 5 kolejnych lat po zakończeniu inwestycji. Jeśli to zrobi, musi liczyć się z obowiązkiem zwrotu dofinansowania.
Zwrot dużej dotacji otrzymanej przed kilku laty jest oczywiście poważnym zagrożeniem dla finansów firmy. Dlatego nosząc się z zamiarem ubiegania się o dotacje, należy uprzednio dokładnie zapoznać się z wzorami umów, dotyczących konkretnego projektu i oszacować ryzyko wystąpienia czynników, powodujących obowiązek zwrotu środków.
Warto także podjąć próbę negocjacji umowy o dotację i wprowadzenia w niej korzystnych dla firmy zapisów. Także jeżeli w trakcie realizacji dotowanego projektu pojawią się trudności, istnieje możliwość zmiany wymogów umowy w ograniczonym zakresie, poprzez podpisanie odpowiedniego aneksu do umowy.