Istotę sporu pomiędzy podatnikiem a Ministrem Finansów, który odpowiedział na wniosek o indywidualną interpretację prawa podatkowego, stanowiła kwestia ustalenia, czy nieumorzona wartość zaliczonych do inwestycji w obcym środku trwałym nakładów stanowi koszt uzyskania przychodu dla spółki. Przy czym w przedstawionym stanie faktycznym poniesione nakłady wynikały z poniesionych wydatków na dostosowanie wynajmowanych pomieszczeń do potrzeb prowadzonej działalności. Dopiero NSA udzielił ostatecznej odpowiedzi na pytanie czy rozwiązanie łączącej strony umowy przed pełnym zamortyzowaniem inwestycji w obcym środku trwałym jest tożsame z likwidacją tego środka trwałego i pozwala na zakwalifikowanie jako straty amortyzowanej inwestycji w obcym środku trwałym.

NSA w wydanym wyroku podkreślił, iż w rozpoznawanym stanie faktycznym środek trwały w postaci lokalu użytkowego nie został zlikwidowany, a wręcz przeciwnie został zaadaptowany na potrzeby prowadzonej w nim działalności gospodarczej (poniesiono nakłady w obcym środku trwałym). Tylko likwidacja środka trwałego w sytuacji wskazanej w omawianym przepisie powoduje stratę. Znaczenie użytego przez normodawcę w art. 16 ust. 1 pkt 6 u.p.d.o.p. słowa „strata” może być odczytane wyłącznie literalnie. Wcześniejsze rozwiązanie umowy najmu nie oznacza likwidacji przedmiotu najmu, bowiem lokal ten nie utracił przydatności jako lokal użytkowy, nadający się do wynajęcia, lokal ten nadal istnieje i nie jest to jednoznaczne ze stratą.
Tym samym NSA stanął na stanowisku, iż w sytuacji gdy nakłady inwestycyjne nie ulegną fizycznej likwidacji nie można mówić o zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów niezamortyzowanej wartości tej inwestycji w obcym środku trwałym. Natomiast jedyną formą rekompensaty poczynionych nakładów pomiędzy stronami umowy najmu lokalu jest rozliczenie tychże niezamortyzowanych nakładów po zakończeniu umowy.