Zdaniem Sądu kwoty wypłacone na skutek nielegalnego działania podatnika nie mogą być uznane za poniesione w celu zachowania lub zabezpieczenia źródła przychodów.

Omawiany, co warto podkreślić, prawomocny wyrok warszawskiego WSA jest echem sporu marżowo-cenowego. Wart jest uwagi przede wszystkim w kontekście obowiązującej obecnie ustawy o refundacji leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego i wyrobów medycznych. Otóż podatnik w omawianej sprawie zawarł ugodę z NFZ (następcą kas chorych) w celu uniknięcia zapłaty, być może, znacznie wyższej kary na skutek wydania wyroku sądu wyższej instancji. W stosunku do tego podatnika NFZ wytoczył powództwo cywilne o odszkodowanie z tytułu szkody majątkowej spowodowanej refundowaniem przez NFZ (kasy chorych) leków, których wartość celna nie została skorygowana o rabaty potransakcyjne otrzymywane przez podatnika od zagranicznej spółki matki – dostawcy leków. Mimo tego, że podatnik nie został przez organy administracji „zmuszony” do skorygowania wartości celnej leków, sąd cywilny uznał go za zobligowanego do zapłaty odszkodowania cywilnego, którego wartość miała pokryć straty NFZ wynikłe z refundowania leków, których koszt nabycia dla podatnika był niższy niż deklarowany w postępowaniu refundacyjnym.

Tego rodzaju ugoda – nie będąca wyjątkiem w sporach marżowo-cenowych – powoduje konieczność zapłaty odszkodowania, która według sądu administracyjnego nie może być uznana za  koszt podatkowy.

Przekładając tezy wyroku wydanego w odniesieniu do sporów marżowo – cenowych na dzisiejszą rzeczywistość prawną, wskazać można, iż próby stosowania pomiędzy kontrahentami narzędzi prowadzących faktycznie do obniżania cen nabycia leków przez podmioty, które otrzymały decyzję w zakresie refundacji leków, mogą doprowadzić w przyszłości do konieczności zapłaty odszkodowań na rzecz Skarbu Państwa, które dodatkowo – w kontekście omawianego orzeczenia –  mogą zostać uznane przez organy podatkowe i sądy administracyjne za niemogące stanowić kosztu uzyskania przychodu.