Sąd administracyjny, podzielając pogląd organów podatkowych uznał, iż podatek naliczony, niepodlegający odliczeniu na skutek niewykonywania przez podatnika czynności opodatkowanych, nie może stanowić nadpłaty podatku w rozumieniu ustawy – Ordynacja podatkowa. Fakt wykonywania przez podatnika czynności zwolnionych nie uzasadnia zastosowania zwolnienia z opodatkowania podmiotów dokonujących dostaw towarów i świadczących usługi na rzecz podmiotu wykonującego czynności zwolnione z VAT.
Spór w sprawie powstał przed nowelizacją ustawy o VAT (ta weszła w życie z dniem 1 stycznia 2011 r.), którą wprowadzono do tego aktu prawnego przepis art. 43 ust 1 pkt 18a) wskazujący iż zwolnieniem z opodatkowania objęte są dostawy towarów i świadczenie usług ściśle związanych z opieką medyczną, świadczone na rzecz podmiotów leczniczych na terenie ich przedsiębiorstw, w których wykonywana jest działalność lecznicza.
Jednakże, zakład opieki zdrowotnej, który domagał się zwrotu nadpłaconego podatku zajmował się leczeniem pacjentów w warunkach domowych (żywienie dojelitowe i pozajelitowe), a w celu świadczenia tych usług nabywał z hurtowni farmaceutycznych leki, korzystał z usług transportowych (innych niż transport pacjentów) oraz wynajmował pomieszczenia przeznaczone na gabinety lekarskie.
Podatnik próbował wykazać, naliczanie podatku należnego od dostawy towarów i świadczenia usług na rzecz tego podatnika przez jego kontrahentów jest sprzeczne z art. 132 oraz 134 Dyrektywy – w sytuacji gdy usługi te służą wykonywaniu działalności zwolnionej z opodatkowania – czyli świadczeniu usług opieki medycznej.
Poprzez zastosowanie dość oryginalnej, jednakże nieprawidłowej argumentacji, polegającej na próbie wykazania iż po pierwsze podatek naliczony niepodlegający odliczeniu stanowi nadpłatę podatku w rozumieniu Ordynacji podatkowej, a po drugie na próbie wykazania nieprawidłowości działania kontrahentów polegającym na opodatkowaniu usług i dostawy towarów na rzecz podatnika, podatnik starał się wykazać iż świadczenie na jego rzecz usług oraz dostawa towarów powinna podlegać zwolnieniu z opodatkowania.
W stosunku do nabywanych przez podatnika usług nie znalazłaby zastosowania zasada zwolnienia z opodatkowania usług pomocniczych świadczonych na rzecz podmiotów leczniczych w ich siedzibie, z uwagi na wykonywanie usług w domach pacjentów. Prostszym zabiegiem mającym na celu odzyskanie części podatku naliczonego byłaby próba wykazania, iż część świadczeń nabywanych przez podatnika i de facto odsprzedawanych na rzecz pacjentów nie powinno być postrzegane jako elementy kalkulacyjne usługi medycznej. W świetle ostatniego orzecznictwa sądów administracyjnych, kwestionujących możliwość stosowania koncepcji świadczeń kompleksowych w różnorodnych stanach faktycznych, szanse wygrania sporu mogłyby być znacznie wyższe. Wydzielenie części świadczeń poza zakres kompleksowej usługi medycznej powodowałoby możliwość odliczenia VAT naliczonego związanego z nabyciem tych usług.
