Organy podatkowe często wskazują na konieczność przeniesienia w związku z aportem przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części wszelkich związanych z nim zobowiązań, aby transakcja nie wywoływała skutków w podatku dochodowym od osób prawnych i VAT. W konsekwencji, w sytuacji gdy część zobowiązań nie jest przenoszona, organy podatkowe kwestionują neutralność podatkową takich transakcji, twierdząc że ich przedmiotem były niezależne składniki majątku a nie przedsiębiorstwo lub ZCP. Wyrok Sądu potwierdza, że stanowisko takie nie jest prawidłowe. Może się bowiem zdarzyć, że część zobowiązań nie może lub po prostu nie jest przenoszona z innymi składnikami majątku, które wciąż spełniają definicję przedsiębiorstwa zawartą w prawie cywilnym. Zdaniem Sądu, w takiej sytuacji nie ma podstaw, by kwestionować status takich składników majątku jako przedsiębiorstwo lub ZCP na gruncie podatkowym.