Nie ulega wątpliwości, że zwolnienie to zostało skierowane do podmiotów, które prowadzą usługi kształcenia finansowane z funduszy europejskich, wątpliwości pojawiają się natomiast kiedy nabywcą usług szkoleniowych będzie jednostka sektora finansów publicznych, na przykład jednostka samorządowa lub ministerstwo. Podmioty te będą niewątpliwie nabywać usługi szkoleniowe z posiadanych środków publicznych. Nie ma jednak pewności czy wystarczy to aby uznać, że usługi te są finansowane ze środków publiczny, w związku z czym podlegają zwolnieniu z VAT. Analiza stenogramów z posiedzeń sejmowej komisji finansów publicznych prowadzi do wniosku, że intencją było objęcie zwolnieniem z VAT również przypadków gdy usługi kształcenia są nabywane przez jednostki sektora finansów publicznych, trudno jednak przewidzieć czy takie samo stanowisko zajmą organy podatkowe.
Inne wątpliwości wiążą się z usługami świadczonymi przez podwykonawców na rzecz podmiotów objętych omawianym zwolnieniem z podatku VAT. Jeśli usługodawca korzysta z dofinansowania z unii europejskiej i stosuje zwolnienie, a następnie podzleca wykonanie poszczególnych wykładów czy kursów wyspecjalizowanym jednostkom, to czy mogą one także stosować zwolnienie z podatku przy wystawianiu faktur na rzecz zleceniodawcy? Z jednej strony ich usługi będą finansowane ze środków publicznych otrzymanych przez zleceniodawcę co uzasadniałoby zwolnienie. Wydaje się jednak, że w momencie otrzymania tych środków przez głównego wykonawcę stracą one status „środków publicznych”, co wykluczałoby zwolnienie z VAT usług świadczonych przez podwykonawców.
