Istotą pcc jest jego wymiar i pobór w przypadku dokonania określonych czynności cywilnoprawnych. Na gruncie przepisów może jednak powstać wątpliwość, czy opodatkowaniu powinny podlegać jedynie skuteczne czynności cywilnoprawne oraz kiedy powstaje obowiązek podatkowy w pcc, gdy do skuteczności czynności prawnej koniecznych jest spełnienie kilku warunków – tak jest np. w przypadku sprzedaży akcji, gdzie skuteczność tej czynności cywilnoprawnej zależy m.in. od przeniesienia posiadania papieru wartościowego oraz złożenia odpowiedniego oświadczenia (co jednak nie następuje w drodze odrębnej umowy przenoszącej własność).
Bywa, że przeniesienie akcji (tj. złożenie stosownego oświadczenia i przeniesienia posiadania) następuje w pewien czas po zawarciu umowy sprzedaży. Pytanie zatem, czy obowiązek podatkowy w pcc powstaje z chwilą zawarcia umowy sprzedaży czy też w momencie faktycznego przeniesienia praw z akcji.
Przykładowo, w indywidualnej sprawie, gdy chodziło o nabycie akcji na okaziciela, gdzie mocą przepisów szczególnych do skutecznego przeniesienia praw z akcji na okaziciela wymagane jest wydanie nabywcy dokumentu papieru wartościowego i zapis tych papierów wartościowych na jego rachunku papierów wartościowych, wydano interpretację, w której stwierdzono, że obowiązek podatkowy powstaje już z chwilą podpisania umowy sprzedaży. Minister Finansów zmienił ją i zajął stanowisko, że skoro w obrocie zdematerializowanym instrumentami finansowymi czynność cywilnoprawna zostaje dopełniona z chwilą zapisu tych papierów wartościowych na rachunku papierów wartościowych nabywcy (pismo MF z 21.08.2008, znak PL/LM/830/11/3/EOB/2008/PK/587).
Podobne wątpliwości mogą pojawić się przy transakcji sprzedaży akcji imiennych, gdzie przepisy KSH zastrzegają, że skuteczne przeniesienie praw z akcji wymaga dodatkowych czynności (złożenia oświadczenia, przeniesienia dokumentu). Bezpieczne podejście zakłada rozpoznanie obowiązku podatkowego w pcc już z chwilą zawarcia umowy sprzedaży. Jednak innych podejść – bardziej korzystnych dla podatnika – nie można jednoznacznie wykluczyć. Niestety orzecznictwo w tym zakresie jest wyjątkowo ubogie, a wątpliwości mnożą się, gdy przepisy podatkowe próbuje się interpretować w świetle przepisów prawa cywilnego, które regulują skuteczność czynności cywilnoprawnych.