W praktyce sprzedaż gruntów rolnych podlegających opodatkowaniu VAT rodzi liczne problemy w zakresie możliwości zastosowania zwolnienia. Ustawodawca nie sprecyzował bowiem, na jakiej podstawie należy oceniać, czy teren jest niezabudowany oraz czy nie jest przeznaczony pod zabudowę. W praktyce orzeczniczej polskich sądów administracyjnych zwraca się uwagę, że fakt zabudowania gruntu lub też jego przeznaczenia pod zabudowę należy oceniać na podstawie miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego. W przypadku jego braku o takim przeznaczeniu gruntu może decydować studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego (na co wskazał Minister Finansów w wydanej niedawno odpowiedzi na interpelację poselską nr 11881 z 28 września br., stanowisko takie zostało również potwierdzone przez WSA w Bydgoszczy w wyroku z 6 maja 2009 r. (sygn. I SA/Bd 157/09), WSA w Krakowie w wyroku z 6 lutego 2009 r. (sygn. I SA/Kr 1450/08) czy WSA w Warszawie w wyroku z 6 maja 2008 r. (sygn. III SA/Wa 296/08).

Dla klasyfikacji sprzedaży gruntu rolnego dla celów VAT decydujące jest nie tylko jego faktyczne zabudowanie, ale też przewidziana w planie zagospodarowania przestrzennego lub studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego możliwość usytuowania na danym gruncie jakiejkolwiek budowli lub budynku (również np. na cele wypoczynkowo-rekreacyjne z możliwością zabudowy letniskowej, turystycznej, itp).

Zapisy zawarte w studium należy oceniać na moment dokonania transakcji, dlatego zmiany dokonane po tej dacie powinny pozostać bez wpływu na opodatkowanie VAT wcześniejszej transakcji.

Jednocześnie należy pamiętać, że o stawce podatku VAT, jaką będzie opodatkowana sprzedaż działki rolnej, nie decyduje subiektywny zamiar stron transakcji wyrażony przykładowo w oświadczeniu nabywcy (co potwierdził m.in. WSA w Białymstoku w wyroku z 17 marca 2009 r., sygn. I SA/Bk 449/08). Zamiar nabywcy o nie przeznaczeniu terenu pod zabudowę nie może dlatego stanowić okoliczności uzasadniającej zwolnienie z opodatkowania VAT.

Zatem w sytuacji, kiedy z obowiązującego planu zagospodarowania przestrzennego lub studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego wynika, że dana działka jest zabudowana lub jest przeznaczona do zabudowy, to jej sprzedaż nie korzysta ze zwolnienia z VAT. Sprzedaż takiego terenu powinna podlegać opodatkowaniu VAT według stawki podstawowej 22%.
Należy również pamiętać, że w sytuacji, kiedy sprzedaż nieruchomości jest zwolniona z VAT wówczas podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych (według stawki 2%).

Art. 43 ust. 1 punkt 9 ustawy o VAT
Art. 2 punkt 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych