Powyższa teza wywodzi się z interpretacji art. 5 ust. 3 tiret drugie Dyrektywy Rady 69/335/EWG z 17 lipca 1969 r. dotyczącego podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (dalej: Dyrektywa), zgodnie z którym do podstawy opodatkowania, w przypadku podwyższenia kapitału nie wlicza się kwot zaciągniętych przez spółkę kapitałową pożyczek, które są zamieniane na udziały w spółce i które już zostały objęte podatkiem kapitałowym.

Przedmiotowy spór rozpoczął się od udzielenia pożyczek w latach 2002 – 2004 przez Elektrownię Konin S.A. spółce córce Elektrowni Pątnów II Sp. z o.o. Zgodnie z obowiązującym wówczas polskim ustawodawstwem, spółka córka uiściła należny PCC z tytułu dokonanej czynności prawnej. W lipcu 2005 r., po akcesji Polski do Unii Europejskiej, spółki zawarły porozumienie odnośnie konwersji przedmiotowych pożyczek na udziały. Dokonana transakcja spowodowała podwyższenie kapitału zakładowego, stanowiącego zmianę umowy spółki, opodatkowanego PCC.

Mając na uwadze powyższe, Spółka zwróciła się do organów podatkowych z wnioskiem o zwrot nadpłaty PCC, twierdząc, iż została podwójnie opodatkowana, co stanowiło naruszenie przepisów implementowanej Dyrektywy. Po odmowie zwrotu nadpłaty oraz oddaleniu skargi do WSA, Spółka wniosła skargę do NSA, który wystąpił z pytaniem prejudycjalnym do ETS.

ETS stwierdził, iż przy obliczaniu podstawy opodatkowania podatkiem kapitałowym podwyższenia kapitału spółki w drodze konwersji pożyczek zaciągniętych przez tę spółkę przed akcesją na udziały, dokonanej już po przystąpieniu, uwzględniać wcześniejsze opodatkowanie przedmiotowych pożyczek na podstawie obowiązującego wówczas ustawodawstwa krajowego. Powyższa interpretacja Dyrektywy w żaden sposób nie jest równoznaczna ze stosowaniem jej z mocą wsteczną do okoliczności faktycznych poprzedzających akcesję, lecz oznacza tylko stosowanie, od chwili wejścia w życie tej Dyrektywy, zawartego w niej zakazu podwójnego opodatkowania. Zatem konieczna jest zmiana podejścia organów podatkowych do przedmiotowej kwestii.