Do najważniejszych zmian w projekcie doszło w zakresie proponowanego terminu wejścia w życie nowych regulacji – będzie to najprawdopodobniej 1 stycznia 2017 r. Dodatkowo MF zgodziło się na propozycję zwiększenia z 20 do 25 % progu dla uznania spółki za podmiot powiązany. Interesująca jest również reguła transakcji ,,istotnych”, których będzie wyłącznie dotyczył obowiązek dokumentacyjny – będzie ona uzależniona od wysokości przychodów przedsiębiorstw. Oprócz pozytywnych dla podatników zmian w nowym projekcie MF zamieści regulację umożliwiającą zobowiązanie przez organ podatkowy podatnika do sporządzenia dokumentacji dla transakcji, która nie przekroczyła proponowanych nowych limitów, w przypadku, gdy zajdzie uzasadnione podejrzenie celowego obniżenia jej wartości. Taki nieprecyzyjny zapis może w praktyce doprowadzić do licznych sporów, gdyż podatnik nie będzie mógł przewidzieć takiego obowiązku, a uzasadnione podejrzenie może wynikać z nieuzasadnionego poglądu organu.