W praktyce często konwersja wierzytelności nie jest konwersją bezpośrednią (tj. operacją polegająca na podwyższeniu kapitału zakładowego poprzez wkład niepieniężny), lecz przybiera formę potrącenia wierzytelności wspólnika wobec spółki z tytułu pożyczki z wierzytelnością spółki wobec wspólnika z tytułu pokrycia obejmowanych przez niego udziałów (w sytuacji, w której uchwalono wniesienie wkładu gotówkowego).

Zgodnie z art. 9 ust. 11 pkt. b) ustawy o PCC zwalnia się od podatku umowy spółki i ich zmiany związane z podwyższeniem kapitału zakładowego pokrytego z niezwróconej pożyczki udzielonej spółce kapitałowej przez wspólnika lub akcjonariusza, która była uprzednio opodatkowana podatkiem od czynności cywilnoprawnych lub podatkiem od wkładów kapitałowych do spółek kapitałowych na terytorium państwa członkowskiego innego niż Rzeczypospolita Polska.

Mając na uwadze literalne brzmienie omawianego przepisu powstaje wątpliwość dotycząca możliwości zastosowania przedmiotowego zwolnienia w sytuacji, gdy kapitał zakładowy pokrywany jest w drodze potrącenia wierzytelności. Odczytując bowiem wspomniany przepis literalnie, można byłoby dojść do wniosku, że dotyczy on sytuacji, gdy kapitał jest pokrywany w ten sposób, że przedmiotem wkładu (niepieniężnego) jest wierzytelność z tytułu niezwróconej pożyczki (wtedy bowiem można mówić o pokryciu kapitału zakładowego niezwróconą pożyczką).

Organy podatkowe zajmują jednak stanowisko korzystne dla podatnika, twierdząc, iż z przedmiotowego zwolnienia korzystają także zmiany umowy spółki polegające na podwyższeniu kapitału zakładowego pokrytego wkładem pieniężnym w drodze potrącenia wierzytelności (wierzytelność spółki wobec udziałowca z tytułu wniesienia dopłat na kapitał zostanie potrącona z wierzytelnością udziałowca wobec spółki z tytułu niewróconej pożyczki, np. interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z 18 czerwca 2009 r., sygn. ILPB2/436-52/09-2/MK).

W związku z korzystnym dla podatników podejściem organów podatkowych w powyższym zakresie i mając na uwadze wcześniej zasygnalizowane wątpliwości wynikające z literalnej interpretacji omawianych przepisów, w przypadku planowanej konwersji wierzytelności na kapitał i chęci skorzystania ze w/w zwolnienia podatnicy mogą rozważyć więc wystąpienie z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej celem wyeliminowania potencjalnego ryzyka.