W odniesieniu do przychodów z tytułu kapitałów pieniężnych ustawodawca przewidział dwa odmienne sposoby rozliczenia podatku PIT. Mianowicie, część przychodów podlega opodatkowaniu 19% zryczałtowanym podatkiem PIT, który jest rozliczany przez płatnika (art. 30a ustawy PIT), natomiast pozostałe dochody (przychody) są opodatkowane 19% podatkiem PIT rozliczanym samodzielnie przez podatnika (art. 30b ustawy PIT).
W przypadku przychodów (dochodów) z obligacji, występują oba ze wskazanych sposobów rozliczenia podatku. Mianowicie, 19% zryczałtowany podatek PIT jest rozliczany przez płatnika (emitenta obligacji, bądź podmiot prowadzący rachunek papierów wartościowych / rachunek zbiorczy) od przychodu z tytułu obligacji w postaci dyskonta bądź odsetek. Obowiązek samodzielnego rozliczenia 19% podatku przez podatnika występuje w sytuacji, gdy dokonuje on zbycia (sprzedaży) obligacji na rzecz podmiotu trzeciego (niebędącego emitentem). W takim przypadku podatnik powinien ustalić dochód, zgodnie z art. 30b ust. 2 pkt 1 ustawy PIT, tj. jako różnicę pomiędzy przychodem uzyskanym z tytułu odpłatnego zbycia obligacji a kosztami uzyskania przychodów, tj. wydatkami poniesionymi na nabycie obligacji. Przy czym, zauważyć należy, iż w przypadku gdy obligacje zostały nabyte przez podatnika w drodze spadkobrania, kosztem uzyskania przychodów są wydatki poniesione na nabycie obligacji przez spadkodawcę (art. 22 ust. 1m ustawy PIT). Jednocześnie, gdy obligacje zostały nabyte przez podatnika w drodze darowizny, brak jest możliwości rozpoznania kosztów uzyskania przychodów w wysokości wydatków poniesionych na nabycie obligacji przez darczyńcę.
Rozliczenia transakcji odpłatnego zbycia obligacji na zasadach powyżej opisanych podatnik dokonuje w deklaracji PIT-38, składanej w terminie do końca kwietnia roku następującego po roku, w którym transakcja odpłatnego zbycia obligacji miała miejsce. We wskazanym terminie przypada również data zapłaty 19% podatku. W tym miejscu dodać należy, iż dochody (straty) z odpłatnego zbycia obligacji, zaliczają się do tego samego źródła przychodów, co przychody z tytułu odpłatnego zbycia akcji, udziałów czy też certyfikatów inwestycyjnych. Oznacza to, iż podlegają one łącznemu rozliczeniu, tj. 19% podatek PIT jest rozliczany od dochodu (podstawy opodatkowania) wyliczonego w deklaracji PIT-38 wspólnie dla wszystkich transakcji odpłatnego zbycia papierów wartościowych (obligacji, akcji, certyfikatów inwestycyjnych itp.) w danym roku. Co więcej, dochód tak ustalony podlega obniżeniu o starty z tego źródła przychodów poniesione przez podatnika w 5 poprzednich latach podatkowych, przy czym w danym roku można odliczyć nie więcej niż 50% straty poniesionej w każdym z tych lat.