WSA zwrócił w uzasadnieniu wyroku uwagę, iż postępowanie związane z wydaniem zaświadczenia jest postępowaniem uproszczonym i w znacznej mierze odformalizowanym, co znajduje wyraz w tym, że wydanie zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach polega na potwierdzeniu faktów lub stanu prawnego na podstawie prowadzonych przez organ ewidencji, rejestrów lub innych danych znajdujących się w jego posiadaniu. Co jednak najistotniejsze, nie jest to postępowanie, w ramach którego dokonuje się rozstrzygnięć o zaleganiu lub nie w podatkach. Zaświadczenie wydane w tym trybie jedynie potwierdza to, co wynika z prowadzonej przez organ podatkowy ewidencji, zapisów, rejestrów lub innych danych znajdujących się w jego dyspozycji.

Wartą podkreślenia i niezmiernie istotną kwestią jest to, iż organy przed wydaniem zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach ustalają, czy w stosunku do wnioskodawcy nie jest prowadzone postępowanie mające na celu ustalenie lub określenie wysokości jego zobowiązań podatkowych. Jeżeli takie postępowanie jest prowadzone, a nie ma możliwości zakończenia go przed upływem terminu 7 dni przewidzianego do wydania zaświadczenia, organ podatkowy nie może odmówić wydania zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach, jest jednak zobowiązany do podania w tym zaświadczeniu informacji o prowadzonym postępowaniu i to bez względu na to, czy podatnik domagał się takiej informacji, czy nie.