Zasady opodatkowania prac adaptacyjnych związanych z dostawą specjalistycznego sprzętu medycznego od pewnego czasu budzą wiele kontrowersji. Kwestią sporną jest czy dostawa specjalistycznego sprzętu medycznego wraz z jego instalacją oraz innymi czynnościami towarzyszącymi, w tym adaptacją pomieszczeń, powinna być traktowana jako świadczenie złożone. Odpowiednia klasyfikacja prac adaptacyjnych towarzyszących dostawie sprzętu ma zasadnicze znaczenie dla zastosowania właściwej stawki VAT. Zgodnie bowiem z art. 41 ust. 2 w zw. z poz. 105 zał. nr 3 do ustawy o VAT, dostawa specjalistycznego sprzętu medycznego korzysta z obniżonej do 8% stawki VAT. Natomiast w odniesieniu do prac adaptacyjnych, które bardzo często wiążą się z koniecznością poniesienia znacznych nakładów, przepisy ustawy o VAT nie przewidują preferencji podatkowej.
Organy podatkowe w wydawanych w ostatnim czasie interpretacjach prezentowały raczej jednolite podejście, zgodnie z którym, o świadczeniu złożonym można mówić, jeśli istnieje funkcjonalny związek pomiędzy poszczególnymi elementami świadczenia na tyle ścisły, by nie można było wydzielić z tego świadczenia jego poszczególnych elementów i potraktować ich jako świadczeń odrębnych. Zatem zdaniem organów podatkowych takie prace jak np.: wzmocnienie stropów pomieszczeń, wymiana/doprowadzenie nowych kabli energetycznych, instalacji klimatyzacji i wentylacji, wykonanie i zabezpieczenie pomieszczeń pomocniczych i przygotowawczych, nie korzystają z preferencji podatkowej i podlegają opodatkowaniu według podstawowej stawki podatku VAT w wysokości 23%.
O ile stanowisko organów podatkowych w zakresie opodatkowania prac adaptacyjnych związanych z dostawą specjalistycznego sprzętu medycznego jest jednolite, to linia orzecznicza sądów administracyjnych przez pewien czas nie była w tym zakresie spójna. Szansę na korzystną dla podatników klasyfikację prac adaptacyjnych jako świadczeń stanowiących nieodzowną część dostawy sprzętu medycznego dał wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 30 kwietnia 2010 r. (sygn. III SA/Wa 2247/09). Sąd w wydanym orzeczeniu przychylił się do stanowiska podatnika i stwierdził, że „dostawa sprzętu medycznego jest nierozerwalnie związana z jego instalacją i dokonaniem prac adaptacyjnych”. Zatem z obniżonej do 8% stawki VAT powinna korzystać cała dostawa, łącznie z towarzyszącymi jej pracami budowalnymi i adaptacyjnymi.
Jednak już 28 czerwca 2011 r. Naczelny Sąd Administracyjny (sygn. I FSK 958/10) uchylił korzystne dla podatników rozstrzygnięcie WSA w Warszawie. Zdaniem składu orzekającego NSA, traktowanie odrębnych świadczeń jako jednego świadczenia złożonego ma charakter wyjątkowy, stanowiący odstępstwo od zasady odrębnego opodatkowania każdego świadczenia według właściwej dla niego stawki podatku. NSA stwierdził, że uznanie dostawy specjalistycznego sprzętu medycznego i prac adaptacyjnych za świadczenie jednorodne stanowiłoby zbyt szerokie postrzeganie związku między tymi świadczeniami.
Wydana 30 marca 2012 r. interpretacja ogólna potwierdza stanowisko Ministerstwa Finansów w sprawie opodatkowania prac adaptacyjnych towarzyszących dostawie specjalistycznego sprzętu medycznego. Odwołując się do orzeczeń Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, Minister Finansów uznał, że jeżeli transakcja składa się z zespołu świadczeń i czynności, to celem określenia czy są to dwa lub więcej niż dwa świadczenia odrębne i niezależne, czy też jest to jedno świadczenie kompleksowe, należy wziąć pod uwagę wszystkie okoliczności, w jakich dokonywana jest rozpatrywana transakcja.
[page_break]
W tym kontekście resort finansów stwierdził, że mimo że wykonywanie prac adaptacyjnych i budowlanych ma niewątpliwie związek z dostarczaniem wyrobu medycznego, to jednak sam ten związek nie powoduje, że prace te stanowią element kompleksowego świadczenia. Minister Finansów podkreślił, że dostawa wyrobu medycznego wraz z wykonaniem prac budowlanych polegających na dostosowaniu pomieszczeń użytkownika (np. szpitala) do wymogów producenta oraz przepisów regulujących bezpieczeństwo użytkowników i pacjentów nie ma jednorodnego charakteru i nie może w całości korzystać z preferencyjnej stawki podatku VAT jaka ma zastosowanie do dostawy wyrobu medycznego.
W tym kontekście resort finansów stwierdził, że mimo że wykonywanie prac adaptacyjnych i budowlanych ma niewątpliwie związek z dostarczaniem wyrobu medycznego, to jednak sam ten związek nie powoduje, że prace te stanowią element kompleksowego świadczenia. Minister Finansów podkreślił, że dostawa wyrobu medycznego wraz z wykonaniem prac budowlanych polegających na dostosowaniu pomieszczeń użytkownika (np. szpitala) do wymogów producenta oraz przepisów regulujących bezpieczeństwo użytkowników i pacjentów nie ma jednorodnego charakteru i nie może w całości korzystać z preferencyjnej stawki podatku VAT jaka ma zastosowanie do dostawy wyrobu medycznego.
Wobec powyższego, Minister Finansów stoi na stanowisku, że niezależnie od postanowień umowy, dostawa wyrobu medycznego w rozumieniu ustawy o wyrobach medycznych podlega opodatkowaniu 8% stawką VAT, zaś prace adaptacyjne polegające na dostosowaniu pomieszczeń placówki medycznej (adaptacja, przebudowa, rozbudowa, itp.) związane z tym wyrobem nie korzystają z preferencji podatkowej i podlegają opodatkowaniu VAT według stawki podstawowej (obecnie w wysokości 23%).
Wydana przez Ministra Finansów interpretacja ogólna ma na celu ujednolicenie stosowania przepisów prawa podatkowego. Organy podatkowe niższego szczebla nie są formalnie związane interpretacjami ogólnymi, lecz w praktyce respektują zawarte w nich wskazówki dotyczące interpretacji przepisów prawa podatkowego.
Wydanie interpretacji ogólnej nakazującej opodatkowanie stawką podstawową prac adaptacyjnych pomieszczeń placówek medycznych dokonywanych w związku z dostawą wyrobów medycznych wskazuje, że w najbliższym czasie należy spodziewać się zaostrzenia stanowiska organów podatkowych w tym zakresie.