Zgodnie z art. 21 § 1 Ordynacji podatkowej, zobowiązanie podatkowe powstaje z chwilą zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania
(pkt 1) bądź z chwilą doręczenia decyzji organu podatkowego, ustalającej wysokość tego zobowiązania (pkt 2).
Z kolei z brzmienia art. 21 § 2 Ordynacji podatkowej wynika, że jeżeli przepisy prawa podatkowego nakładają na podatnika obowiązek złożenia deklaracji, a zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób określony w § 1 pkt 1, podatek wykazany w deklaracji jest podatkiem do zapłaty, z zastrzeżeniem § 3. Ten stanowi natomiast, że w przypadku, gdy w postępowaniu podatkowym organ podatkowy, m.in. stwierdzi, że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego.
Instytucja wszczęcia postępowania została unormowana w art. 165 Ordynacji podatkowej, który stanowi, że postępowanie podatkowe wszczyna się na żądanie strony lub z urzędu.
Należy zauważyć, że postępowanie w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty wszczęte na wniosek podatnika, może się wiązać z koniecznością przeprowadzenia odrębnego postępowania, w toku którego przeprowadzona zostanie weryfikacja złożonej przez podatnika korekty deklaracji.
Jak stwierdził Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 22 lutego 2007 r. (II FSK 345/06), „te dwa tryby postępowań nie wykluczają się wzajemnie, lecz w istocie uzupełniają się. Niewątpliwie jednak postępowanie w sprawie określenia zobowiązań podatkowych ma charakter procedury zasadniczej /pierwotnej/ w stosunku do postępowań o stwierdzenie nadpłaty”.
Ustalenie prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego stanowi część ustaleń faktycznych, niezbędnych dla załatwienia sprawy w przedmiocie nadpłaty podatku. Jak stwierdził Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 18 listopada 2008 r. (II FSK 1205/07) „kwestia [określenia wysokości zobowiązania podatkowego, przyp. aut.] ta nie może być w sposób władczy rozstrzygana przez organ podatkowy w postępowaniu wszczętym na wniosek o stwierdzenie nadpłaty, nie wynika ona bowiem ani z treści żądania strony, ani z podstawy prawnej tego żądania”.
Jednocześnie, przepisy Ordynacji podatkowej nie zakazują organom podatkowym wszczęcia postępowania podatkowego w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Umożliwia to organom w sytuacji, gdy stwierdzą w toku postępowania wszczętego wnioskiem strony, iż zobowiązanie zostało przez podatnika wykazane w nieprawidłowej wysokości, wszczęcie z urzędu odrębnego postępowania i wydanie odrębnej decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego.
Reasumując, jeżeli decyzja określająca wysokość zobowiązania podatkowego zostanie wydana przed rozstrzygnięciem wniosku o stwierdzenie nadpłaty, to należy domniemywać, iż rozstrzygnięcie co do istnienia i wysokości nadpłaty zostało oparte bezpośrednio o decyzję określającą wysokość zobowiązania podatkowego. Z jednej strony, taki tok postępowania może wydawać się logiczny, jednak w praktyce zazwyczaj rodzi negatywne konsekwencje podatkowe i finansowe dla podatnika. Ten bowiem, chcąc zakwestionować decyzję w przedmiocie nadpłaty, jest zmuszony do skarżenia zarówno decyzji dotyczącej nadpłaty, jak i decyzji w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego oraz uiścić odpowiednio dwa wpisy stosunkowe od skarg tak, jakby to były dwie niezależne od siebie sprawy.
