Rada Ministrów ma też rozstrzygnąć czy powołać należy Agencję Energetyki Jądrowej (AEJ). AEJ ma się stać intelektualnym zapleczem o charakterze eksperckim dla Ministra Gospodarki, jako organu odpowiedzialnego za wykorzystanie energii jądrowej na społeczno-gospodarcze potrzeby kraju. Ma też pomóc w budowie stosownych kompetencji administracji rządowej. Powołanie AEJ rekomenduje Międzynarodowa Agencja Energii Atomowej (MAEA). Podobne rozwiązania zastosowano już w wielu krajach o różnym stopniu rozwoju energetyki jądrowej, np. we Francji, Wielkiej Brytanii, Rumunii, Jordanii czy na Węgrzech.