I tak przede wszystkim ustawodawca wskazuje nam zamknięty katalog czynności, wobec których przysługuje przedsiębiorcy sprzeciw (art. 84c  ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej dalej SDG):

• zasadność wszczęcia kontroli bez zawiadomienia przedsiębiorcy – art. 79 ust. 2 SDG;
• wszczęcie kontroli z uchybieniem terminów z art. 79 ust. 4 SDG, tj. po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni;
• wszczęcie kontroli bez upoważnienia – art. 79a ust. 1 SDG;
• nieprawidłowości w treści upoważnienia do przeprowadzenia kontroli – art. 79a ust. 6 SDG;
• nie okazanie przez kontrolującego przedsiębiorcy legitymacji służbowej przy przystąpieniu do wykonywania czynności kontrolnych – art. 79a ust. 1 SDG;
• nie poinformowanie kontrolowanego przedsiębiorcy o jego prawach i obowiązkach w trakcie kontroli – art. 79b SDG;
• prowadzenie kontroli bez udziału kontrolowanego lub osoby przez niego upoważnionej – art. 80 ust. 1 SDG;
• podjęcie i prowadzenie więcej niż jednej kontroli u tego samego przedsiębiorcy w sytuacji, gdy nie zachodzą przesłanki z art. 82 ust. 1 SDG;
• przekroczenie dopuszczalnego czasu trwania kontroli – art. 83 ust. 1 SDG;
• podejmowania i prowadzenia kontroli bez ograniczeń czasowych w przypadkach innych niż wymienione w art. 83 ust. 2 SDG.

Zamknięty katalog czynność oznacza, że uchybienie przez organ podatkowy innym przepisom SDG, czy też dokonanie czynności kontrolnych z naruszeniem przepisów ustawy Ordynacja podatkowa nie może stanowić podstawy wniesienia sprzeciwu. Należy również przypomnieć, że cytowany przepis znajduje się w ustawie o Swobodzie działalności gospodarczej a zatem dotyczy tylko przedsiębiorców. Podatnik nie posiadający formalnej rejestracji działalności gospodarczej nie będzie mógł skorzystać z instytucji sprzeciwu.

W sytuacji gdy sprzeciw jest niedopuszczalny, tj. nie zaistniała jedna z wyżej wymienionych przesłanek (art. 84c SDG), nie może być merytorycznie rozpoznawany. Nie będą miały wówczas zastosowania przepisy kodeksu postępowania administracyjnego a organ podatkowy wyda postanowienie na podstawie art. 216 Ordynacji podatkowej (dalej Op), na które nie przysługuje zażalenie.
Ciekawą zatem wydaje się być sytuacja, w której przedsiębiorca (kontrolowany) składa sprzeciw od czynności nie wymienionych przez ustawodawcę w art. 84c ust. 1 SDG. W takim przypadku zgodnie z istniejącym orzecznictwem organ powinien powiadomić stronę o braku możliwości wniesienia sprzeciwu. Tak wypowiedział się między innymi WSA w Łodzi z dnia 18 listopada 2009 r., sygn. akt nr III SA/Łd 373/09. „W przypadku braku możliwości wniesienia sprzeciwu od czynności nie wymienionych w katalogu czynności wykonywanych przez organy kontroli, od których przysługuje sprzeciw organ powinien powiadomić stronę o braku możliwości wniesienia sprzeciwu”.

Kolejne pytanie jakie może się tu pojawić to w jakiej formie powinien nas zawiadomić organ podatkowy o braku prawa do sprzeciwu. Analiza przepisów ustawy o SDG wskazuje bowiem, iż o ile ustawodawca wskazał formę prawną rozpoznania sprzeciwu, to nie przewidział w jaki sposób organ ma poinformować podmiot składający sprzeciw o nieprzysługiwaniu mu omawianego środka prawnego. W orzecznictwie wyrażony został pogląd, iż w takiej sytuacji, organ powinien powiadomić stronę o braku możliwości wniesienia sprzeciwu (por. wyrok WSA w Łodzi z dnia 18 listopada 2009 r. w sprawie sygn. III SA/Łd 373/09). „Za wystarczające w takiej sytuacji należy uznać pismo o charakterze informacyjnym. Pismo takie nie podlega zaskarżeniu w toku instancji, co czyni wszelkie wniesione od niego środki niedopuszczalnymi ze względu na brak przedmiotu zażalenia”.

Istotnym, również z punktu widzenia skuteczności sprzeciwu, jest termin w jakim sprzeciw zostanie wniesiony przez przedsiębiorcę. Sprzeciw wnosi przedsiębiorca w terminie 3 dni roboczych od dnia wszczęcia kontroli. Kontrolowany musi ponadto uzasadnić wniesienie sprzeciwu. Sytuacją szczególną jest wniesienie sprzeciwu na podstawie przesłanki przekroczenia limitu trwania kontroli podatkowej (np. 12 dni dla mikroprzedsiębiorców). Wówczas kontrolowany nie może złożyć sprzeciwu w terminie 3 dni od dnia wszczęcia kontroli bo ten termin już minął.  W takiej sytuacji – gdy przekroczenie limitu kontroli wystąpiło w trakcie prowadzonej kontroli – bieg terminu do wniesienia sprzeciwu rozpoczyna się w dniu, w którym nastąpiło przekroczenie limitu czasu trwania kontroli.
Organ kontroli w terminie 3 dni roboczych od dnia otrzymania sprzeciwu, rozpatruje sprzeciw oraz wydaje postanowienie o:

• odstąpieniu od czynności kontrolnych albo
• kontynuowaniu czynności kontrolnych.

Wniesienie sprzeciwu powoduje wstrzymanie czynności kontrolnych przez organ kontroli, którego sprzeciw dotyczy. Wstrzymanie następuje z chwilą doręczenia kontrolującemu zawiadomienia o wniesieniu sprzeciwu do czasu rozpatrzenia sprzeciwu, a w przypadku wniesienia zażalenia do czasu jego rozpatrzenia. Jeżeli na skutek rozpatrzenia sprzeciwu wydane zostanie postanowienie o kontynuowaniu czynności kontrolnych organ może je kontynuować od dnia, w którym postanowienie to doręczono przedsiębiorcy, a jeżeli wniósł on zażalenie – od dnia, w którym przedsiębiorcy doręczono postanowienie organu II instancji.

W przypadku wniesienia sprzeciwu organ kontroli może, w drodze postanowienia, dokonać zabezpieczenia dowodów mających związek z przedmiotem i zakresem kontroli, na czas rozpatrzenia sprzeciwu. Zabezpieczeniu podlegają wówczas dokumenty, informacje, próbki wyrobów oraz inne nośniki informacji, jeżeli stanowią lub mogą stanowić dowód w toku kontroli.
Na postanowienie organu rozpatrującego sprzeciw przedsiębiorcy przysługuje zażalenie w terminie 3 dni od dnia otrzymania postanowienia. Rozstrzygnięcie zażalenia następuje w drodze postanowienia, nie później niż w terminie 7 dni od dnia jego wniesienia. Nierozpatrzenie sprzeciwu w terminie 3 dni jest równoznaczne w skutkach z wydaniem przez organ właściwy postanowienia o odstąpieniu od czynności kontrolnych. Nierozpatrzenie zażalenia w terminie 7 dni jest równoznaczne w skutkach z wydaniem przez organ właściwy postanowienia uznającego słuszność wniesionego zażalenia.

Do wyżej wskazanych terminów nie zalicza się okresów związanych z doręczeniem rozpatrzenia sprzeciwu. Pogląd taki wyraził m. in. WSA w Warszawie w wyroku z dnia 5 marca 2010 r., sygn. akt III SA/Wa 1494/09 „Sąd nie podziela poglądu wyrażonego w skardze, iż określony w art. 84c ust. 9 SDG termin trzech dni roboczych na rozpatrzenie tego sprzeciwu i wydanie w tym przedmiocie stosownego postanowienia, obejmuje również doręczenia tego postanowienia kontrolowanemu przedsiębiorcy”.
Rozpatrzenie zatem sprzeciwu i wydanie postanowienia nie obejmuje doręczenia tego postanowienia. Również siedmiodniowy termin, o którym mowa wyżej, zaczyna swój bieg w dacie wpływu zażalenia do organu odwoławczego, a zatem wówczas, gdy organ ten może przystąpić do rozpatrywania tego zażalenia.

Podobnie w tym zakresie wypowiedział się WSA w Warszawie w wyroku z dnia 9 kwietnia 2010 r., sygn. akt III SA/Wa 284/10.
Niezależnie od powyższego w pewnych przypadkach wniesienie sprzeciwu jest niedopuszczalne. Sytuacja taka ma miejsce gdy podstawą prawną do przeprowadzenia kontroli podatkowej są następujące przepisy prawa:

• art. 79 ust. 2 pkt 2, art. 80 ust. 2 pkt 2, art. 82 ust. 1 pkt 2, art. 83 ust. 2 pkt 2 SDG, tj. przeprowadzenie kontroli jest niezbędne do przeciwdziałania popełnienia przestępstwa/ wykroczenia skarbowego,
• art. 84a pkt 7 SDG, tj. kontroli podatkowej działalności przedsiębiorców w zakresie sprzedaży dokonywanej poza punktem stałej lokalizacji (sprzedaż obwoźna i obnośna dokonywana na targowiskach).