W związku z powyższym spółka zwróciła się z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych, twierdząc, iż został on pobrany nienależnie, ponieważ obowiązujące w latach 2007 – 2008 regulacje odnośnie opodatkowania pożyczek udzielanych przez udziałowców był niezgodne z prawem unijnym. Argumentacja opierała się tu na tezie, iż skoro z dniem wstąpienia do Unii Europejskiej Polska zrezygnowała z opodatkowania, to nie miała prawa przywrócenia podatku w późniejszym czasie (zasada stand-still).
Wobec negatywnych decyzji organów podatkowych spółka wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach. Ten zwrócił się do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z pytaniem prejudycjalnym odnośnie zgodności z dyrektywą kapitałową przywrócenia opodatkowania pożyczek udzielanych spółkom przez ich udziałowców.
16 czerwca 2011 r. Trybunał wydał wyrok (C-212/10), w którym uznał, iż przepisy dyrektywy należy interpretować tak, że uniemożliwiają one ponowne wprowadzenie przez państwo członkowskie podatku kapitałowego od pożyczki udzielonej spółce kapitałowej przez udziałowca, jeżeli wcześniej państwo to zrezygnowało z pobierania tego podatku.
Trybunał odwołał się do celu Dyrektywy kapitałowej, jakim jest de facto zniesienie podatku kapitałowego. Jak wskazywano w toku sprawy uzasadnieniem dla dalszego jego utrzymania mogą być jedynie trudności związane z natychmiastową utratą wpływów budżetowych w danym państwie członkowskim. Jednak powoływać się na tę okoliczność można tylko w przypadku nieprzerwanego opodatkowania danej czynności. Rzeczpospolita Polska decydując się na likwidację tego podatku z dniem akcesji, zaakceptowała stosowną utratę wpływów budżetowych oraz jej wpływ na finanse państwowe.
Dodatkowo w ocenie TSUE zawarte w art. 4 ust. 2 dyrektywy 69/335 sformułowanie „mogą […] nadal podlegać podatkowi kapitałowemu” należy interpretować w ten sposób, że możliwość opodatkowania przez państwa członkowskie wymienionych w owym ustępie czynności podatkiem kapitałowym wymaga nie tylko, by były one opodatkowane w rozumieniu tego przepisu na podstawie przepisów krajowych obowiązujących w dniu 1 lipca 1984 r., lecz także by podlegały następnie opodatkowaniu w sposób nieprzerwany.
Dzięki korzystnemu dla podatników wyrokowi Trybunału polskie spółki, które jeszcze nie wystąpiły z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych za lata 2007 – 2008 mogą żądać jego zwrotu i liczyć na pozytywne decyzje. W przypadku, gdy postępowanie o zwrot już się toczyło, ale zostało zawieszone do czasu wydania orzeczenia przez Trybunał, powinno ono zostać podjęte i rozstrzygnięte zgodnie z wyrokiem TSUE. Na straconej pozycji nie stoją również podatnicy, co do których wydano już niekorzystne dla nich decyzje; przysługuje im bowiem uprawnienie do żądania wznowienia postępowania zakończonego prawomocnymi decyzjami.
